در دوران جوانی، مدتی را به فراگیری طب مشغول بود و نزد میرزاجعفر طبیب به فراگیری «قانون» بوعلی پرداخت و بخشی از وقت خود را صرف درمان بیماران نیازمند می‌کرد. شیخ نخودکی افزون بر این‌ها به علم‌الحساب نیز تسلط داشت و آن را به برخی از شاگردانش‌آموزش می‌داد. او با فلسفه نیز بیگانه نبود و حتی به برخی علاقه‌مندان آن با شرط عدم دخالت فلسفه در مباحث دینی، این دانش را تدریس می‌کرد. او در میانسالی جامع معقول و منقول بود و شهرت زهد و عبادتش، در میان همه اهل کمال پیچید. با همه داستان‌هایی که اطراف عبادت‌های طولانی و تهجد‌های شگفت‌آور وی نقل شده، امر مسلم آن است که او هرگز در این مسیر، از جاده شرع انور خارج نشد و ریاضت‌هایش جملگی بر مبنای توصیه‌های معصومین (ع) و اولیای الهی بود. همین پایبندی به دستور‌های شرعی و عدم تخطی از آن‌ها بود که از مرحوم نخودکی، عارفی اجتماعی و مردمدار ساخت. او شاگردانی برجسته تربیت کرد که از میان آن‌ها می‌توان به آیت‌الله العظمی سیدشهاب‌الدین مرعشی نجفی و آیت‌الله حسنعلی مروارید اشاره کرد. در ادامه توصیه‌های چهارده‌گانه شیخ نخودکی را که در منابع مختلف به نقل از ایشان ذکر شده است، می‌آوریم:
۱- آنکه نماز‌های یومیه خویش را در اول وقت آن‌ها به جای آوری.
۲- آنکه در انجام حوائج مردم، هر قدر که می‌توانی بکوشی و هرگز میندیش که فلان کار بزرگ از من ساخته نیست، زیرا اگر بنده خدا در راه حق گامی بردارد، خداوند نیز او را یاری خواهد فرمود.
۳- آنکه سادات را بسیار گرامی و محترم شماری و هرچه داری، در راه ایشان خرج و صرف کنی و از فقر در این کار پروا نکنی، اگر تهیدست گشتی، دیگر تو را وظیفه‌ای نیست.
۴- از تهجد و نماز شب غفلت مکن و تقوا و پرهیز پیشه خود ساز.
۵- به آن مقدار تحصیل کن که از قید تقلید وارهی.
۶- بدان که انجام امور مکروه، موجب تنزل مقام بنده خدا می‌شود و به عکس، اتیان مستحبات، مرتبه او را ترقی می‌بخشد.
۷- بدان که در راه حق و سلوک این طریق، اگر به جایی رسیده‌ام، به برکت بیداری شب‌ها و مراقبت در امور مستحب و ترک مکروهات بوده است، ولی اصل و روح همه این اعمال، خدمت به رسول‌اکرم (ص) است.
۸- عمده نظر در دو مطلب است: یکی غذای حلال، دوم توجه در نماز و اصلاح آن، اگر این دو درست باشد، باقی درست است. عمده همّ حقیر، اصلاح قلب است و ذکر «یا حی یا قیوم» سحرگاه برای همین است.
۹- بین‌الطلوعین را به چهار قسمت تقسیم کنید: یکی اذکار و تسبیح، دیگر ادعیه، سوم قرائت قرآن و بالاخره فکری در اعمال روز گذشته. اگر موفق به طاعتی بوده‌اید، شکری کنید و اگر خدای نکرده ابتلا به معصیتی یافته‌اید، استغفار کنید.
۱۰- دیگر آنکه هر روز صدقه دهید، ولو به وجه مختصر. شب‌ها قدری در بی‌اعتباری دنیا و انقلاب آن فکر کنید و ملاحظه کنید که دنیا با اهل دنیا چگونه سلوک می‌کند.
۱۱- در مورد ذکر، در آغاز چند صلوات فرستاده و دل را حاضر کنید و بعد مشغول ذکر شوید.
۱۲- برای توفیق تهجد و گشایش در کار هر صبح از تلاوت قرآن مجید مخصوصاً «یس» غفلت نکن.
۱۳- حرارتی که بر اثر مصاحبت با مردان بد و شرور در مزاج آدمی پدید می‌آید، جز به‌وسیله سردی و برودت مصاحبت با نیکان و مردم صالح زائل نمی‌شود.
۱۴- بزرگان خیلی بر احتراز از مجالست با منکران تأکید دارند و گفته‌اند ضرری که یک وسوسه به وجود می‌آورد، در طول سال‌های دراز ممکن نیست بتوان آن را رفع کرد.
پیکر مطهرش در صحن عتیق، کنار ایوان عباسی در حرم مطهر حضرت امام رضا (ع) به خاک سپرده شده است.
