قريب نيمي از مساحت آن، متشكل از كوهستانهاي مرتفع است. اين بخش تاجيكستان در جنوب و شرق، شامل استان بدخشان يا به تعبير تاجيكيها «بدخشان كوهي» است. با آنكه بدخشان حدود نيمي از مساحت اين كشور را دربرميگيرد، اما به سبب صعبالعبور بودن، كمتر از ۳۰۰ هزار نفر جمعيت داشته و به عبارتي در قريب ۵۰ درصد از مساحت تاجيكستان، تنها ۵ درصد جمعيت آن زندگي ميكنند. نكته مهم ديگر آن است كه ساكنان بدخشان، اغلب داراي مذهب شيعه اسماعيليه هستند.
بلافاصله پس از استقلال تاجيكستان، آقاخان چهارم، امام چهلونهم اسماعيليه مذهبان فرقه نژادي، سفرهايي به بدخشان داشته و امكانات وسيعي را به اين منطقه گسيل كرد. نگارنده بارها به بدخشان تاجيكستان و بدخشان افغانستان سفر كرده است. اين سرزمين توسط رود افسانهاي «آمودريا» به دو بخش تقسيم شده، قسمتي در افغانستان و قسمتي در تاجيكستان قرار گرفته است. در بدخشان افغانستان نيز، به ويژه بخش شرقي و ساحلي آن كه همجوار آمودريا و همسايه تاجيكستان است، عمده ساكنان اسماعيليه مذهبند.
از همان اواخر دهه هفتاد اندك اندك آشكار ميشد كه آقاخان با كمك غرب، به ويژه انگليس و امريكا، خوابهايي براي بدخشان ديده است. برخي بر اين باور بودند كه غرب نظير پروژهاي كه در خاورميانه دنبال كرد و براي يهوديان پراكنده در سراسر جهان، كشور و سرزمين جعلي ساخت، اكنون نيز بر آن است تا براي اسماعيليههاي پراكنده در سراسر جهان كشوري مستقل بسازد. نگارنده سال ۱۳۸۰ در سفري كه به بدخشان داشت، شاهد نشانههاي اين حركت بود. در مدارس بدخشان كتب رسمي آموزش و پرورش تاجيكستان تدريس نميشد. حتي زبان رسمي چيز ديگري بود. كتابها در كالج اسماعيليه در لندن به زبان انگليسي تأليف شده و همان كتابها به همان زبان در مدارس پايههاي مختلف تدريس ميشدند.
دولت تاجيكستان به سبب كمكهاي مالي هنگفت آقاخان در آغاز، حساسيت چنداني به فعاليتهاي آنان در اين منطقه نداشت اما اندك اندك حتي در متون تدريسي، حرف از كشور بدخشان به ميان آمده بود. انگليس و امريكا به شدت بر آن بودند تا در همسايگي چين و در حياط خلوت روسيه، بندر و كشوري را بكارند كه ميتوانست خاري در چشم اين دو قدرت باشد، آقاخان را پادشاه آن اعلام كنند. بخشهايي از افغانستان و تاجيكستان و حتي چين و پاكستان به طور بالقوه ظرفيت انضمام به كشور جديد را داشتند. شايد آنها كه اين سطور را ميخوانند اين خبر ويژه رسانهها را خوانده يا شنيده باشند كه امريكا و انگليس طرح تأسيس كشوري به نام «بدخشان بزرگ» را دنبال ميكنند و باز شايد آنها كه اين سطور را ميخوانند باور نكنند نگارنده اين سطور سال ۸۰ پس از سومين سفر به منطقه بدخشان عين اين تحليل را با جزئيات در قالب فيلم و پژوهشي مفصل به مسئولان مختلف داخلي ارائه كرد، حتي راهكارهايي را براي آن پيشنهاد داد.
دريغ! هيچ كس حتي براي مشورت بيشتر ما را فرانخواند. همه چيز فراموش شد تا آنكه پس از ۱۲ سال آن تحليل و پيشبيني دقيق، مو به مو به واقعيت بدل شده و ما در برابر عملي انجام شده تنها نظارهگريم. اين معضل براي دولت مركزي تاجيكستان نيز يك سم خطرناك و يك هشدار هولناك است. در آن سالها به سياستمداران تاجيك نيز صاحب همين قلم از سر دلسوزي نكاتي را متذكر شد اما برق دلارهاي آقاخان بسياري را در آن كشور مغبون كرده بود. دريغ و درد! وقتي در برنامه راز نادر طالبزاده، سه سال پيش سؤالي در اين باره از من پرسيد، التماس كردم مسئولان به مشاوره رايگان ما لااقل رضايت بدهند. دريغ و درد كه مسئولان وزارتخارجه ما هميشه خود را عقل كل و داناي مطلق ميدانند و جماعتي چون صاحب اين قلم، راهي به دژ تسخيرناپذيرشان ندارد. كاش ۱۲ سال پيش كسي حرف مرا شنيده بود، طرح و راهحلهاي مرا جدي گرفته بود. كاش در اين سالها وزير و مسئولي يك ساعت وقت براي شنيدن آنچه من با تحمل مشكلات و خطرات بسيار طي سالها در سفرهايي سخت ديده بودم و تجربه كرده بودم، اختصاص ميداد.