روحانيون به عنوان پرچمداران حركت انقلابي مردم ايران در كنار نقش تبليغاتي كه در جنگ داشتند، لباس رزم را هم بر تن ميكردند و سلاح در دست، در كنار ديگر رزمندگان مقابل دشمن بعثي ميجنگيدند. شيخ فضلالله محلاتي مثال بارزي از روحانيون مبارز حاضر در جبهههاي جنگ بود كه تا آخرين لحظه حضورش در مناطق عملياتي، خستگيناپذير بود و با روحيه بالايي كه داشت، باعث دلگرمي رزمندگان ميشد.
نماينده حضرت امام در سپاه پاسداران در لحظههاي حساس و سرنوشتسازجنگ كه ممكن بود اضطراب و نگراني خاطر به فرماندهان دست دهد مايه قوت و اطمينان قلب همگان بود و با سخنان حكيمانه خويش فضاي ترديد و ابهام را تبديل به قاطعيت، ايمان و اعتماد ميساخت. وقتي در مصاحبهاي از شهيد محلاتي درباره سپاه پاسداران سؤالي پرسيده ميشود، ايشان ميگويد: «ان شاءالله سپاهي بسازيم كه دشمن هوس نكند عليه انقلاب اسلامي توطئه كند.»
زماني كه سپاه هنوز اساسنامه مكتوبي نداشت حاجآقا محلاتي نگران بود كه دولتهاي بعدي بيايند و اشكال و كمبودي براي سپاه پيش بياورند. با اينكه در اصل صد و پنجاهم قانون اساسي شرح مأموريتهاي سپاه آمده بود ولي هنوز شرح وظايف و اساسنامهاش تصويب نشده بود. با پيگيريهاي مداوم شهيد محلاتي و چند چهره سرشناس ديگر، اساسنامه طي چند جلسه فوري، در شوراي عالي سپاه تنظيم شد و در مجلس هم به تصويب رسيد تا سپاه قدرتمندتر از هميشه به كارش ادامه دهد.
شهيد محلاتي تا آنجايي كه از دستش برميآمد، تلاش ميكرد سپاه و ارتش با هم باشند و اين باعث شد تأثير زيادي در جنگ به وجود بيايد. براي اين كار هم از جان و دلش مايه ميگذاشت. علاوه بر اين اعتقاد راسخي به همكاري سپاه و روحانيت داشت. معتقد بود كه سپاه بايد فكر، عقيده و مذهب را از روحانيون بگيرد و از وجود آنها استفاده كند.
رحيم صفوي حضور شهيد محلاتي را در جبههها اينگونه توصيف ميكند:«مثل يك جوان شاداب، 15، 16 ساعت كار ميكند و اصلاً خستگي نميشناسد. حضور حاجآقا محلاتي در جبههها براي بچههاي رزمنده و فرماندهشان مايه دلگرمي بود. ميرفت به جبهههاي مختلف سركشي ميكرد. خرمشهر، آبادان، دزفول و سوسنگرد. گاهي تنها ميرفت، گاهي مسئولان ديگر را هم با خودش ميبرد. من فقط دو سه نفر از علما را ديدم كه لباسشان را در جبهه در ميآوردند و لباس پاسداري ميپوشيدند. يكي از آنها شهيد اشرفي اصفهاني بود، يكي ديگرشان حاج آقا محلاتي.»
شهيد محلاتي ميانه خوبي هم با فرماندهان جنگ داشت. شهيد همت، خرازي، باكري و كاظمي تا حاجآقا را ميديدند با او درددل ميكردند و سبك ميشدند. عراق كه از نفوذ چهرههايي مثل شهيد محلاتي آگاه شده بود و در عمليات والفجر8 هم زخم بزرگي از رزمندگان خورده بود از طريق ستون پنجم خبردار شده بود در هواپيماي مسافربري «آسمان» چه كساني حضور دارند و به كجا ميروند. در اولين روز از اسفند سال 1364 دو فروند ميگ مجهز به موشكهاي هوا به هوا مأمور ميشوند كه هواپيما و سرنشينانش را با تهديد به عراق ببرند. خلبان بدون توجه به اخطارها و نشان دادن باغ سبز عراقيها به راهش ادامه ميدهد و وقتي حاجآقا محلاتي از موضوع مطلع ميشود ميگويد: «تقدير ما شهادته، نه تسليم» دل خلبان را براي ادامه مسير قرص ميكند كه دو موشك از هواپيماي ميگ شليك ميشود و هواپيما را تكهتكه ميكند و هواپيما با ۵۰ سرنشينش كه همگي از نمايندگان مجلس و قضات عاليرتبه قضايي بودند در ۲۵ كيلومتري شمال اهواز سقوط ميكند.
همسر شهيد محلاتي درباره واكنش حضرت امام پس از شنيدن خبر شهادت شهيد محلاتي ميگويد: «دو سه روز بعد از شهادت حاج آقا، خانم امام تشريف آوردند منزل ما و تا مرا ديدند، بوسيدند و گريه كردند و گفتند كه امام در دو شهادت خيلي گريستند و بلند بلند گريه كردند. يكي در شهادت شهيد مطهري بود و ديگري هم شهادت شهيد محلاتي. 12 روز بعد از شهادت كه ما را بردند خدمت امام، ايشان فرمودند: مثل اينكه من بازويم را از دست دادهام و اشكهايشان سرازير شد و همه ما با گريه امام، گريه كرديم.»
