با وجود آنكه هدف از تشكيل دانشگاه از زمان پيدايش آن در ايران، توسعه مدنيت به شيوه غربي و رواج تفكرات آنگلوساكسوني بوده اما رهيافت آن در طول دوران مبارزات عليه نظام ستمشاهي، رهبران انقلاب را بر آن داشت تا اين سيستم علمي را با تغييراتي حفظ نمايند. از اين رو ساز و كار انقلاب فرهنگي نيز بر همين اساس شكل گرفت اما از آنجايي كه تغييرات اساسي در سيستم نظام آموزش عالي كشور در طول اين مدت كوتاه ميسر نبود، اهداف اصلي مؤسسان دانشگاه همچنان به صورت مخفي باقي ماند. عدم تغيير متون درسي و استفاده از اساتيدي كه بعضاً وابستگيهاي خاص اعتقادي به حكومت سابق يا تفكرات غربي داشتند سبب شد تا برآيند نتايج حاصله از سالها تربيت دانشجو در دانشگاههاي داخلي، نه تنها عدم توليد علم بومي باشد بلكه بدنه تحصيلكرده بعضاً تبديل به متفكران سكولار و آماده در جهت خدمت به غرب شوند. در بسياري از كشورهاي جهان كه دولتي مانند ايالات متحده پيشتاز ايجاد دانشگاه بوده يا اقدام به بورسيه دانشجويان به اصطلاح جهان سوم كرده است، هدف اصلي ايجاد سپاهي در برابر حكومتهاي داخلي در بزنگاههايي است كه حكومتها به خواستههاي نامشروع دول استكباري تن در نميدهند. از اين نمونه ميتوان به بسياري از فرماندهان كودتاهاي مخملي در كشورهاي حوزه قفقاز و سياستمداران برخي كشورهاي آسياي جنوب شرقي اشاره كرد. چنين نيروهايي در كشور خود تبديل به روشنفكران غربزدهاي ميشوند كه تنها غايت آنها ايجاد نظامي سكولار در تمام ابعاد سياسي، اجتماعي، فرهنگي و... است.
واقعه 18 تير1378 از جمله وقايعي است كه در ظهور آن بايد به دنبال عوامل فوق بود. جرياني كه در اين واقعه آغاز و رهبري را بر عهده داشت، وابسته به دولت وقت و رشد كرده در تفكر غربي بود و البته است. اين جريان كه با نام اصلاحات در كشور مشهور شد، در واقع متشكل از افرادي بود كه يا در دانشگاههاي خارجي و بعضاً بريتانيا تحصيلكرده بودند يا به شدت تحت تأثير تفكرات افرادي مانند عبدالكريم سروش قرار داشتند. نوع اهداف مدنظر اين گروه تماما منتج به جامعهاي است كه در آن مفاهيم غربي پيشتاز و غايت سعادتمندي آن ايجاد حكومتي سكولار است و اين جريان از هر وسيلهاي براي تغيير حكومت بهره ميجويد.
در چنين وضعيتي و با مقاومت نيروهاي وفادار به آرمانهاي امام راحل و انقلاب اسلامي در مقابل تغيير ساختار حكومت، نوع راهبردهاي اتخاذي از جانب اصلاحطلبان غربگرا در كشور به سوي كشاندن اعتراضات و مطالبات به سطح دانشگاهها و سپس خيابانها پيش ميرود. سياست «چانهزني از بالا، فشار از پايين» از جمله برنامههايي است كه در واقعه 18 تير78 كه بعدها به حادثه كوي دانشگاه معروف شد، مورد استفاده واقع شد و با وارد كردن بدنه علمي و نخبه به عرصه مطالبات سياسي درصدد اقناع افكار عمومي جامعه در جهت خواستهاي جريان اصلاحطلب برآمد. در اين حوادث تمام پتانسيل جريان اصلاحطلب براي تغيير ساختار حكومت، بسيج شد اما به دليل اولويت مطالبات ديني در كشوري مانند ايران، اين خواب خوش به سرعت پايان يافت اما اين سؤال باقي ماند كه چرا در جامعهاي مانند ايران كه اعتقادات مذهبي در آن سرمنشأ تمام امور است، قسمتي از بدنه علمي كشور و جامعه دانشگاهي در خط مقدم ايجاد جامعه سكولار قرار گرفته است؟
علاقهمندي قسمتي از بدنه نخبهپرور دانشگاهي در رسيدن به آرمانهاي جوامع غربي و پايهگذاري نظام سكولار، برخلاف ريشههاي غربي آن كه ظلم و فساد منتصبين مذهبي (كليسا و كشيشان) بوده، بزرگنمايي برخي مكاتب توليدي دنياي استكبار است. علومي كه با اهداف خاص در جوامع بهشدت تبليغ و ترويج ميشود. مباني معرفتي ايجاد نظام سكولار مورد نظر دول غربي، نشأت گرفته از شناخت انسان به عنوان موجود تكساحتي است كه تنها عقل او براي رشد و تعالي كفايت ميكند (علوم اومانيستي) اما در كشورهايي مانند ايران علي القاعده بايد وجود تفكرات ديني مانع از پذيرش چنين ديدگاهي شود. آگاهي نظام آكادميك غرب از اين مانع بزرگ، سبب ايجاد مباني معرفتي است كه در پهنه عرضه آنها، دين مانند خرده مسئله به كنار ميرود و در نگاه سادهانگارانه منجر به نظام ليبرال- مذهبي ميشود. از جمله اين ديدگاهها ميتوان به نگاه پلوراليستي به دين و توسعه پايههاي هرمنوتيكي اشاره كرد.
براساس نگاه تكثرگرا به دين، دريافت حقيقت دين از يك منشأ الهي به معرفت ديني بشري كه حاصل گذر تاريخ و تجربه است، تقليل مييابد و هر انساني به وسع نظر خود ميتواند دين را فهم كند و چون انسان نميتواند فهم كاملي از دين داشته باشد، پس هيچگاه حقيقت كامل فهم نميشود و از اين منظرگاه بايد تمام نظريات فهم شده را پذيرفت. با اين نگاه هيچ ديني كامل و مقدس نيست و در پرتو آن حتي بهائيت، وهابيت و آئينهاي كفرآميز قابل قبول ميگردد. در چنين شرايطي معاني ديني همچون مرجعيت و ولايت به راحتي زير سؤال ميرود و مبناي اجتهاد در دين تخطئه ميگردد و اين دقيقاً همان هدفي است كه دنياي غرب در جوامع اسلامي به دنبال آن است. از سوي ديگر مكتب هرمنوتيك در اين شرايط به بسط انديشهها و درك تفاسير بر پايه تواناييهاي وجودي انسان ميپردازد و اساس دين را تجربه ديني معرفي ميكند كه حاصل تفسير و تأويل شخصي است و نه آنچه واقعيت و ذات دين را شامل ميشود.
سقوط مباني ديني به تجربه و تفسير بشري و زميني نمودن اموري چون وحي سبب ميشود كه متعلمان اين علوم، تضادي ميان دين و توسعه غربي مشاهده نكنند و بتوانند با شعار مذهب، درصدد برپايي نظامي سكولار برآيند. تلاقي اين دو تفكر در ايران منجر به ظهور قشري با نام نوگرايان ديني شد كه بر خلاف آموزههاي اساسي دين اسلام دست به تأويل دين زدند تا آن را با ذائقه غربي متناسب سازند. از نگاه آنان احكام ديني و فقه بايد با توجه به شرايط مختلف و براساس خواست انسان، پيشفرضها و اوضاع زمانه دچار قبض و بسطهاي لازم شود وگرنه توانايي پاسخگويي به نيازهاي جديد را ندارد. پايه ظهور اين اقليت در دانشگاهها با فراگيري علوم غربي آغاز شد و تناوب هجي كردن همان علوم بدينجا رسيد كه اكنون در برخي موارد سيستم دانشگاه در ايران افرادي مقهور غرب تربيت ميكند و اين گروه پس از ورود به سيستم جامعه زمينههاي لازم را براي آغاز انحرافات ميسر ميسازد. بدون شك با توجه به سخنان امام راحل در معرفي دانشگاه به عنوان مبدأ تمام تحولات ميتوان دريافت كه دانشگاه ميتواند مبدأ تمام انحرافات باشد، چه بسا كه اگر علم و معلم به صورت حداكثري در راستاي رسيدن به حقيقت دين و مباني الهي گام برميداشتند امروز ايران مبدأ تمام تحولات جهان بود.