مسئله بنيادگرايي در آسياي مركزي طي 25 سال گذشته از استقلال كشورهاي منطقه، مسير تكاملي و رو به رشدي را گذرانده است. منظور از مسير تكاملي اين است كه اكنون مهمترين گروههاي افراطي برگرفته از مناطق پساشوروي، با توان محدود و محلي در دهه 90 ميلادي، به سازمانهايي پيچيده و چند بعدي و با توان عملياتي بالا تبديل شدهاند.
اين گروهها، با تطبيقپذيري و استفاده از ظرفيت ارتباطگيري گسترده با ساير گروههاي افراطي، توانستهاند به گروههايي بالقوه خطرناك براي صلح و امنيت منطقه تبديل شوند. از جمله مهمترين اين گروهها، كه بالاترين سطح نقشآفريني را در تشكيل اين شبهدولت نيز ايفا خواهند كرد، جنبش اسلامي ازبكستان و اتحاديه جهاد اسلامي ازبكستان است. اين گروه با وجود فراز و نشيبها در طول مدت فعاليت خود، اكنون با قدرتگيري نسبي طالبان در مرزهاي شمالي، رفته رفته قدرت هموزن با دوران پيش از سقوط طالبان را احيا ميكند. اعضاي تشكيلدهنده اين گروهها علاوه بر ازبكها، تاجيكها و تركمنها كه خاستگاهي از آسياي مركزي دارند، از مليتهاي گوناگون مثل افغانستان، پاكستان و ايغورها از چين و تركها نيز هستند. برآورد تعداد نيروهاي جنبش اسلامي ازبكستان بين 2 هزار تا 2500 نفر و در اتحاديه جهاد اسلامي اين رقم بين 100 تا 500 نفر تخمين زده ميشود. جنبش اسلامي ازبكستان تقريباً گروهي شناخته شدهتر بوده، اما در حقيقت اتحاديه جهاد اسلامي در بستر حوادث پس از سقوط طالبان و استقرار در وزيرستان و در بستر حوادث پس از آن در اختلاف در نوع راهبرد مبارزه بين رهبران جنبش اسلامي ازبكستان به وجود آمده است. اتحاديه جهاد اسلامي هدف خود از مبارزه را برانداختن دولت ازبكستان تعريف كرده و از هر فرصتي براي رسيدن به هدف خود استفاده ميكند. از مهمترين مسائلي كه در رابطه با اين گروهها قابل ذكر است، قرار گرفتن آنها در منطقه سوقالجيشي وزيرستان شمالي (جنبش اسلامي ازبكستان در ميرامشاه و اتحاديه جهاد اسلامي در ميرعلي) كه امنترين محل براي گروههاي جهادي اسلامي بوده و نقطه تلاقي اين گروهها محسوب ميشود كه موجب شكلگيري همكاريهاي عميق و پيشرفتهاي شامل انتقال اطلاعات، انتقال افراد و حمايتهاي مالي بين اين گروهها شده است. با شروع سال جديد و اعلام عمليات بهاري (عمري) توسط طالبان، حملات نيروهاي طالبان در اكثر استانهاي اين كشور و به ويژه در استانهاي شمالي شدت يافته است كه اين موضوع ميتواند بسترساز تشديد فعاليتهاي گروههاي سلفي شده و دو گروه مذكور با استفاده از ظرفيت اسمي طالبان و بهرهگيري از عدم حضور طالبان پشتون و حضور پررنگ اقوام تاجيك، ازبك و تركمن در شمال افغانستان، زمينه عضوگيري و بعضاً انجام عمليات را فراهم كند. تاكنون جنبش اسلامي ازبكستان و اتحاديه جهاد اسلامي به طور عمده در مبارزات شهرهاي قندوز، بلخ، بهپغمان، سمنگان، جوزجان، فارياب، بدخشان و بادغيس كه در مرز مشترك با ازبكستان، تركمنستان و تاجيكستان قرار دارد، شركت كردهاند. به نظر ميرسد رشد و قدرتگيري گروههاي بنيادگراي سلفي آسياي مركزي كه اكنون در بستر تحولات شمال افغانستان پيش رفتهاند، به نوعي مترصد فرصتي تازه هستند. آنان از فرصت اوليه كه همانا ضعف مطلق دولت مركزي افغانستان طي دو سال اخير بود، به خوبي بهره برده و اكنون مترصد فرصتي ديگر هستند تا منطقه حايل در مرزهاي افغانستان و كشورهاي آسياي مركزي را تصرف كرده و اعلام استقلال نمايند. همچنين شايد گروههاي بنيادگراي آسياي مركزي در شرايط فعلي تنها تهديد موجود در منطقه نباشند، اما ميتوانند يكي از مهمترين تهديدها براي كشورهاي آسياي مركزي، افغانستان و حتي چين در سالهاي آتي باشند و به همين جهت مناسب است كه مبارزه با اين گروهها از سوي دولتهاي مذكور جدي گرفته شود.