دوره زندگاني امام باقر(ع) به دو بخش تقسيم ميشود: يك بخش، دوران پيش از امامت است كه بيش از 35 سال است. اين هنگام، دوره امامت پدر پاك نهادش حضرت علي بن الحسين(ع) است. بخش ديگر، 20 سال پس از آن است كه دوره امامت خود آن حضرت است. امام باقر(ع) در اين مدت، حكومت علمي خويش را بنا نهاد و يك ربع قرن با فراخ بالي تمام در دانشگاه دين به تدريس و تعليم پرداخت. آن بزرگوار زندگي را با دانش آميخته و مردم را بيدار و هشيار ميساخت و به آنها حقايق پوشيده دين را ميآموخت و تاريخ صدساله اسلام ـ يعني از رحلت پيامبر(ص) تا روزگار خود ـ را براي مردم باز مينمود. روزگار امام پنجم بستري آماده براي نشر احكام دين و اسلام بود. دولت اموي در پي قيام حسين بن علي(ع) رو به سستي و از همگسيختگي نهاده بود و ايرانيان، كه با وجود فشار حكومت ستمگر اموي، به اهل بيت(ع) عشق ميورزيدند، قيام كردند و بنيعباس را ياري دادند تا سلطنت بني اميه را از ريشه بركنند. اين هنگام، كه حتي در كوفه امارتي شيعي پديد آمد، براي امام باقر(ع) فرصتي شايسته بود تا چهره زيباي حقايق ديني را از پس پردههاي اوهام و خرافات اموي بيرون آورد و به مردم نشان دهد. همواره كساني بودهاند كه از شناخت درست امامان(ع) بازمانده و از روي ناداني و تند روي آنان را داراي مقامي فراتر از مقام حقيقي آنان دانستهاند. امام باقر(ع) در رد چنين گماني فرموده است: «اي شيعيان! ميانه روي كنيد تا تند روان از تندروي خويش پشيمان شوند و به شما اقتدا كنند و جويندگان راه حقيقت به شما بپيوندند. » كسي از انصار از امام(ع) پرسيد: «تندروان كيانند» امام(ع) فرمود: «تندروان آنانند كه ما را داراي ويژگيها و جايگاهي ميدانند كه خود بدان معتقد نيستيم. چنين كساني از ما نيستند و ما نيز از آنان نيستيم.» ( اصول كافى، ج ۲، ص ۷۵)
بيگمان، شهادت امام(ع) در دوران هشام بن عبدالملك رخ داده است. با توجه به برخوردهاي خشن هشام با امام باقر(ع) و دشمني انكارناپذير امويان با خاندان علي(ع) شك نيست كه او در شهادت امام باقر(ع) ـ به گونهاي نهاني ـ دست داشته است.