از سوي ديگر، بخش زيادي از مواد اين منشور، تكرار فصل سوم قانون اساسي است. در اين صورت، دو سند در حقوق داخلي خواهيم داشت؛ فصل سوم قانون اساسي و منشور حقوق شهروندي. اين بخشهاي تكراري فاقد كاركرد خواهند بود زيرا تكرار مطالب بدون هيچگونه اثر عملي، نه تنها زائد است بلكه در شأن يك نظام حقوقي پيشرفته نخواهد بود.
ب - پرداخت انتخابي به حقوق شهروندي
مفاد اين منشور تنها به بخشي از حقوق مدني، سياسي، اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي پرداخته است. مواردي از اين حقوق كه مثلاً به دانشجويان، اساتيد، نخبگان، شفافيت و رقابت در بازار كار و اقتصاد پرداخته شده، عمدتاً بخشهايي از حقوق علمي و حقوق توليدكنندگان و مصرفكنندگان است كه در اين زمينه تنها به بيان و اشارههايي مختصر و ناقص اكتفا شده است. حقوق سرزميني شهروندان ايران به ويژه در دفاع از سرزمين و هويت ملي و همچنين حقوق ناظر بر استقلال همهجانبه (كه قانون اساسي با وضع تكاليفي متعدد بر نهادهاي حاكم، اين حقوق را براي شهروندان مقرر و قابل پيگيري نموده است) از جمله حقوق مهجور در اين منشور هستند.
ج -تكليفسازي براي قواي مقننه و قضائيه
بخشهايي از مفاد اين منشور، نافي اصل تفكيك قوا و متضمن احكام امري براي ساير قواي حاكم است. در حالي كه بر اساس قانون اساسي، دولت نميتواند بدون مجوز قانوني صريح، براي قوه قضائيه و مقننه تكليفي را مقرر كند. به عنوان نمونه، بندهاي 85 تا 93 از ماده 3 اين منشور، راجع به عدالت قضايي است كه مسئوليت تضمين و پيگيري آنها بر اساس قانون اساسي، خارج از مسئوليت دولت بلكه بر عهده قوه قضائيه است. اگر مقصود اين منشور، ايجاد مسير جديد در تدوين لوايح است، روشن است كه تدوين لوايح قضايي نيز بر عهده قوه قضائيه بوده و خارج از صلاحيت دولت است.
از اين رو، منشور حاضر تلاش نموده براي لوايحي كه قوه قضائيه در زمينه عدالت قضايي تدوين ميكند، اصول و نقشه راه تعيين كند كه بدون شك، اين امر ناقض اصل تفكيك قوا در اصل 57 قانون اساسي است.
د - مباني نظري و ادبيات تدوين محتواي منشور حقوق شهروندي
برخي از مفاهيم مندرج در اين منشور، برگرفته از ادبيات و مفاهيمي هستند كه در نظام حقوقي غرب ايجاد شده و كاربرد دارند و الزاماً به دليل مشربها و خاستگاههاي ايدئولوژيكشان، قابل انطباق كامل با ارزشها و مفاهيم فرهنگي و هويتي ايران نيستند. به عنوان نمونه، «انتخابات آزاد» مفهومي بحثانگيز و شائبهدار است كه نه تنها قانون اساسي در اصل 6 آن را تجويز نكرده است كه مفاهيم تحميلي غرب در حول و حوش آن، چالشهاي سياسي و فرهنگي جدي را براي كشورمان در پي خواهد داشت اما در تدوين بند 29 ماده 3 منشور حقوق شهروندي، همين مفهوم چالشدار مورد استفاده قرار گرفته است. در خصوص تأسيس «حكمراني شايسته» در بند 35 ماده 3 نيز همين وضعيت صادق است.
هـ - عدمتوجه كافي به چالشهاي بينالمللي حقوق بشري
تدوين محتواي اين منشور، متناسب با توجه مؤثر به زمينهها، بسترها، پيشينه و پيامد چالشهاي بينالمللي حقوق بشر صورت نگرفته است. هرچند ممكن است تشريح حقوق شهروندي به عنوان گامي براي تضمين و توسعه تأمين و اجراي حقوق مذكور در سطح بينالمللي و همچنين به عنوان اقدامي جدي در راستاي سياستهاي دولت در تعامل با جهان به نظر آيد اما مفاد آن در برخي عرصهها نظير حقوق زنان نه تنها كمكي به حل مشكلات موجود نخواهد كرد بلكه بر زمينهها و بسترهاي حقوقي مستندسازي چالشهاي مذكور خواهد افزود.
از طرف ديگر، در تدوين مفاد منشور حقوق شهروندي، حقوق بينالمللي مرتبط كه در معاهدات مصوب مجلس شوراي اسلامي مقرر شده نيز به صورت كامل مدنظر قرار نگرفتهاند و حتي سهمي كه دولت در مقام اجراي اين معاهدات (و به عنوان اجراي ملي) بر عهده دارد نيز تبيين و تشريح نشده است.