علم ذاتاً با دين تعارضي ندارد و با آن آشتيپذير است. چنانكه فلسفه علم(مضاف) ذاتاً همينطور است؛ اما فلسفه الحادي و جهانبيني ملحدانه اساساً براي نفي دين آمده و با آن سر ناسازگاري دارد. مباني و اصول موضوعه اين قسم هستيشناسي و جهانبيني، الحادي است و طبعاً چنين نگرشي، فلسفه علم و علم را نيز ابزار الحاد خود قرار ميدهد و از او ميخواهد همه هستي را از منظر تجربه حسي ببيند و آن را بر اساس دانش تجربي تبيين و تفسير كند. آن جهانبيني و فلسفه الحادي، موّلد فلسفه علم الحادي است و اينچنين فلسفه مضافِ الحادي قهراً صبغه الحاد به علم ميبخشد، حال آن كه علوم طبيعي و تجربي به طبع و ذات خويش هيچ اقتضايي نسبت به الحاد ندارند و از رهگذر تحريف و خروج از محدودههاي خويش، دستمايه كفر و الحاد و ماده پرستي قرار ميگيرند.