شهيد آيتالله سيدمصطفي خميني در سال 1309 در قم به دنيا آمد. تحصيلات ابتدايي را در مدارس باقريه و سنايي به پايان رساند، سپس به تحصيل علوم حوزوي پرداخت و در كمتر از شش سال توانست دروس سطح را نزد اساتيدي چون آيات شيخ مرتضي حائري، صدوقي، سلطاني و شيخ عبدالجواد اصفهاني به اتمام برساند و در 22 سالگي به دوره تخصصي خارج اصول و فقه وارد شود. او در اين دوره محضر آيات عظام حجت، بروجردي، محقق داماد، امام، شاهرودي، خوئي، محمدباقر زنجاني و محسن حكيم را درك كرد و در 27 سالگي به درجه اجتهاد رسيد. او به دليل هوش سرشار، علاوه بر فقه و اصول، در علوم معقول، فلسفه و كلام هم به مراتب بالاي علمي دست پيدا كرد و در مدت كوتاهي از اساتيد برجسته حكمت شد و هنوز 30 سال هم نداشت كه در دانشهاي معقول و منقول از صاحبنظران حوزه شد.
او قبل از شروع نهضت امام با جريانات سياسي جامعه از جمله فدائيان اسلام و شهيد نوابصفوي آشنا بود و با شهيد سيدعبدالحسين واحدي دوستي صميمانه برقرار كرد و لذا از دوره جواني به مبارزه با رژيم پهلوي توجه خاصي داشت. وي در زمان تصويب لايحه انجمنهاي ايالتي و ولايتي در مهر سال 41 همراه مادرش در عراق بود و پس از بازگشت از سفر در كنار امام قرار گرفت و به شكل جدي وارد مبارزه با رژيم پهلوي شد.
پس از فاجعه فيضيه در 13 خرداد 42، رژيم براي دستگيري امام اقدام و ايشان را ـكه در منزل سيد مصطفي بودندـ دستگير ميكند و به تهران انتقال ميدهد. پس از دستگيري امام، سيدمصطفي از سويي بايد براي آزادي ايشان تلاش ميكرد، از سوي ديگر بايد شعله نهضت را روشن نگه ميداشت و نيز اداره بيت امام به عهده او بود. ساواك در 16 فروردين 43 امام را آزاد كرد. سيدمصطفي با هوشمندي بسيار به ساماندهي امور مختلف ميپردازد و در پيشبرد نهضت امام نقش بينظيري را ايفا ميكند. در آبان 43 همزمان با تصويب لايحه كاپيتولاسيون امام سخنراني تاريخي خود را ايراد ميكنند كه منجر به دستگيري و تبعيد ايشان به تركيه ميشود. سيد مصطفي به منزل مراجع گوناگون ميروند تا جلوي اين تبعيد را بگيرند. شهرباني قم با هماهنگي ساواك سيد مصطفي را دستگير و راهي زندان قزلقلعه تهران ميكند.
رژيم با اين تحليل كه دور شدن سيدمصطفي از قم در روند نهضت امام مانع جدي ايجاد ميكند، به شرط تبعيد او به تركيه وي را از زندان آزاد و سرانجام در 14 دي سال 43 او را راهي تركيه ميكند. سيدمصطفي در تركيه يار و همراه امام است و در آن فاصله كه امكان فعاليت سياسي چنداني نيست به تدوين چند كتاب فقهي ميپردازد و در تدوين تحريرالوسيله و بحث درباره مسائل گوناگون آن نقش مؤثري را ايفا ميكند. در روز 13 مهر 1344 امام از تركيه به عراق برده ميشوند و ابتدا در شهر كاظمين در مهمانخانه جمالي كه صاحبش ايراني است، سكونت ميكنند. زمان چنداني نميگذرد كه مراجع و علماي نجف از حضور امام در عراق باخبر ميشوند و جنب و جوش زيادي پديد ميآيد. استقبال باشكوهي از امام به عمل ميآيد و ايشان در 23 مهر 1344 وارد نجف ميشوند.
با استقرار امام در نجف دوره جديدي از مبارزات آغاز ميشود و سيد مصطفي تا زمان شهادت، به مدت 13 سال نقش اول را در هدايت نهضت اسلامي به عهده ميگيرد و از آن پس يكي از دشوارترين و در عين حال مهمترين نقشها را در ايجاد و برقراري رابطه با مبارزان عليه حكومت پهلوي در سطوح مختلف ايفا ميكند. او درگير امور مالي بيت امام نميشود و صرفاً به امور اجرايي و ارتباطهاي نهضت امام و نظارت بر آنها همت ميگمارد و از طريق توزيع رساله عمليه، اعلاميهها، پيامها، نامهها و نشر سخنان امام در ايران و ساير كشورها از طريق شبكه مبارزان بهخوبي از عهده اين نقش برميآيد.
او در قالب زيارت سفرهاي زيادي به كشورهاي مختلف از جمله سوريه، لبنان و عربستان ميكند و با مبارزان مسلمان روابط نزديكي برقرار ميسازد، بهطوري كه ساواك در يكي از گزارشهاي خود او را پس از امام خطرناكترين فرد براي رژيم سلطنتي ارزيابي ميكند. سيد مصطفي با مجموعهاي متشكل از حدود 20 نفر با تمام محيطهاي خارج از نجف ارتباط سياسي داشت و با تيزهوشي خاصي حد و حدود ارتباط افراد با امام را تنظيم و به مبارزاني كه حول محور نهضت امام و متناسب با اهداف و تفكراتشان فعاليت ميكردند و به آنها اطمينان داشت، مأموريتهايي را محول ميكرد. سرانجام آيتالله سيد مصطفي خميني پس از عمري تلاش و مجاهدت در راه پيشبرد نهضت اسلامي، اول آبان 1356 و در سن 47 سالگي در نجف به شكل مرموزي به شهادت ميرسد.
از او آثار ارزشمندي باقي مانده است كه برخي از آنها عبارتند از: حاشيه بر مبدأ و معاد ملاصدرا، كتاب البيع، كتاب الاجاره، الحاشيه علي العروه الوثقي، كتاب الخيارات، المكاسب المحرمه، الواجبات في الصلاه، كتاب الصوم، القواعد الحكميه (حاشيه بر اسفار ملاصدرا)، حاشيه بر شرح هدايه ملاصدرا، تحريرات في الاصول، كتاب الطهاره، القواعد الرجاليه، حاشيه بر مستدرك مرحوم ميرزا حسين نوري، شرح زندگاني ائمه معصومين(ع)، تطبيق هيئت جديد بر هيئت و نجوم اسلامي، تفسير القرآن الكريم، الفوائد و العوائد، الخلل في الصلاه.
