حدفاصل سقوط صفويه تا واقعه تنباكو را بايد دوران فاصله علماي تراز اول تشيع از سياست دانست، چرا كه نقش و جايگاه سياسي آنان بعد از صفويه دچار دگرگوني شد. ظهور مجدد سياسي علماي شيعه را بايد در جنگهاي ايران و روس جستوجو كرد. علماي اسلام در اين زمان به ميدان آمدند و با اعلام جهاد عليه بيگانگان، به بسيج اجتماعي براي مقابله با اشغالگران اقدام كردند. علمايي همچون شيخ جعفر كاشف الغطا، سيدعلي طباطبايي، ملا احمد نراقي و سيد محمد مجاهد در اين مسئله پيشتاز بودند. اما آنچه در واقعه تحريم تنباكو رخ داد، با همه حوادث و نقشآفرينيهاي علماي شيعه متفاوت بود. در عصر صفويه و جنگهاي ايران و روس، علما در همسويي با حاكميت نقشآفريني نمودند، اما واقعه تنباكو در ارديبهشت ۱۳۷۰ شمسي اولين تقابل رسمي علماي تراز اول با حاكميت سياسي در ايران است. پيروزي اصوليون بر اخباريون باعث گرديد كه علماي شيعه به عنوان مرجع در رأس امور ديني قرار گيرند و برخلاف صفويه كه بين حكام سياسي و علما همترازي وجود داشت، در عصر قاجاريه شاه نيز در سامانه مرجع- مقلد، جزو مقلدان محسوب ميگرديد، بنابر اين قدرت شاهان صفويه را نداشت، به رغم اين حكم ميرزاي شيرازي نه خطاب به حاكميت كه خطاب به مردم صورت گرفت. توجه به مردم به جاي حاكميت بخش مهمي از راهبرد و سيره علماي شيعه در طول تاريخ و خصوصاً تاريخ معاصر است. با حكم ميرزاي شيرازي، عملاً شاه در حاشيه بود، اما ظاهر امر به صورتي بود كه علما تقابل مستقيم با حاكميت نداشتند. نفوذ حكم شرعي ميرزاي شيرازي در درون خانواده سلطنتي نقطه عطف ديگري است كه جايگاه علماي اسلام را نسبت به قدرت سياسي نشان ميداد. بنابر اين در مطالعه اقشار مختلف جامعه آن روز، بايد روحانيت شيعه را اولين جماعت و طبقهاي دانست كه با قراردادهاي استعماري به مقابله برخاستند كه روي ديگر اين سكه، دفاع آنان از منافع ملي بود. دفاع از منابع در اوج حقارت نظام سياسي قاجاريه، فقط در پرونده علما ثبت است، چرا كه روشنفكران ترقيخواه آن روز، خود عامل اصلي در بستن قراردادهاي استعماري بودند، ميرزا ملكمخان را ميتوان نماد اين وابستگي دانست و كلوبهاي روتاري را نقطه عطف در اقدامات روشنفكران در نسبت با بيگانگان به حساب آورد. حكم ميرزاي شيرازي فقط براي آن روز و لغو قرارداد رژي يا تالبوت نبود كه منشأ تحولات سياسي ديگري نيز در آينده ايران شد. از واقعه تحريم تنباكو تا انقلاب مشروطه فقط ۱۵ سال فاصله است (۱۲۸۵-۱۲۷۰) بنابراين واقعه تنباكو را ميتوان آغاز بيداري ايرانيان در مقابل استبداد و استعمار دانست. تأثير حكم ميرزاي شيرازي در درون ايران اين بود كه «ميشود» كاري كرد و «ميتوان» تغيير ايجاد كرد و اميد به تغيير وضع موجود در ارتقاي عزت نفس ملي را نيز بايد در اين واقعه جستوجو نمود. اميد به تغيير وضع موجود و ارتقاي عزت نفس ملي را نيز بايد در اين واقعه جستوجو كرد. فتواي ميرزاي شيرازي در اين واقعه و همچنين نقش ميرزاي شيرازي دوم در واقعه اشغال عراق باعث گرديد كه استعمار انگليس نيز به اين قدرت الهي پي ببرد و براي آن چارهانديشي كند.
اقدامات انگليس تا حدودي موفق بود، چرا كه توانست نسل اول روشنفكران فرنگرفته را به سمت تقابل با علماي اسلام رهنمون شود. هنوز ۱۵ سال از صدور حكم ميرزاي بزرگ نميگذشت كه انگليس توانست گفتمان سلبي حاكم بر مشروطه را در مقابل دين قرار دهد و ميرزا ملكمخانها و آخوندزادهها، طالبوف تبريزي، آقاخان كرماني... علت عقبماندگي ايران نسبت به غرب را به اسلام نسبت دادند و براي تقويت اين باور تا اعدام شيخ فضلاللهنوري پيش رفتند، اما آنچه نبايد از نظر دور بماند اينكه حكم ميرزاي شيرازي سرآغازي بود كه تا امروز علماي شيعه در مقابل اقدامات حاكميت سياسي بيتفاوت نيستند و تا مرز نظامسازي (امام خميني(ره) ) پيش رفتند و نه تنها ملت و كشور ايران را از وابستگي و قراردادهاي استعماري دور كردند، بلكه ملتهاي ديگر را نيز به رهايي از يوغ استعمارگران دعوت كردند و اين چنين شد كه كمتر از صد سال از حكم ميرزاي شيرازي امام راحل خطاب به ملت ايران فرمودند: شما امروز كانون حمايت از محرومان و مستضعفان جهان شدهايد و اينچنين در يك پروسه ۹۰ ساله علماي شيعه، ايران را از كشوري سلطهپذير به كشوري سلطهستيز تبديل كردند، اما دشمنان همچنان در پي فهم چگونگي آن هستند و با صراحت ميگويند: مشكل ما اين است كه نميتوانيم ميزان برد و نفوذ احكام ولي فقيه را پيشبيني كنيم.
