بابک اسماعیلی طی نامهای خطاب به محمدحسین یادگاری، رئیس جهاد دانشگاهی اعلام کرد:
«با تشکر از حسنظن حضرتعالی نسبت به اینجانب، به اطلاع میرساند انتشار اخباری مبنی بر انتخاب و صدور حکم بنده به عنوان عضو شورای سیاستگذاری رسانهای جهاد دانشگاهی در خبرگزاریها و رسانهها، آن هم پیش از انجام مذاکرات را سؤالبرنگیز و به دور از اخلاق حرفهای میدانم.
اینجانب تنها ساعاتی پیش از مشاهده صدور این حکم در رسانهها، در جریان معرفیام از سوی برخی دوستان به حضرتعالی قرار گرفتم و متاسفانه حکم صادره بدون در نظر گرفتن نظر مثبت و قطعی اینجانب صادر شده است.
بدین وسیله بار دیگر با تشکر از لطف رئیس جهاد دانشگاهی به خود، اعلام میدارم که همچنان قصد دارم در موسسه کیهان به فعالیت رسانهای خود ادامه دهم و برنامهای برای پیوستن به خبرگزاری ایسنا یا دیگر رسانههای خبری را ندارم.»