به طور کلی میتوانیم دو دوره فرماندهی را برای سپاه در نظر بگیریم. یک دوره از بدو تأسیس آن تا زمان فرماندهی مرتضی رضایی چهارمین فرمانده سپاه و دوره بعدی نیز با فرماندهی محسن رضایی شروع میشود. در دوره اول به دلیل وجود بنیصدر و اختلاف سلیقهای که در داخل سپاه وجود داشت، هنوز این نهاد انقلابی انسجام لازم را در سطح فرماندهی پیدا نکرده بود و عمر فرماندهان آن عموماً کمتر از یکسال بود. (غیر از مرتضی رضایی که کمی بیش از یکسال سپاه را فرماندهی کرد)
پس از استعفای جواد منصوری به دلیل اختلاف با بنیصدر و پایان عمر ۱۰ ماهه فرماندهیاش، عباس دوزدوزانی دومین فرمانده سپاه شد. دوز دوزانی از اسفند سال ۵۸ تا خرداد ۵۹ این سمت را برعهده داشت. او تنها چهار ماه فرمانده سپاه بود و تقریباً به همان دلایلی از فرماندهی سپاه استعفا داد که جواد منصوری نیز استعفا داده بود. گویا دوزدوزانی مورد تأیید بنیصدر نبود و نهایتاً بنابه درخواستها و فشارهایی که از سوی بنیصدر اعمال میشد از سمتش کنارهگیری کرد.
بعد از دوزدوزانی، ابوشریف فرمانده سپاه شد و حکمش را نیز رئیسجمهور وقت (بنیصدر) صادر کرد. بنیصدر میگفت که فرماندهی ابوشریف بنابه درخواست ردههای پایینتر سپاه است و وجهه دموکراتیک به این انتخاب قائل بود. اما برخی از افراد در داخل سپاه این موضوع را رد میکردند. نهایتاً ابوشریف نیز کمتر از یک ماه بعد استعفا داد و علت این امر را در پیام کوتاهی «انحصارطلبیها و گروهگراییها و گرایشات موجود» اعلام کرد.
چهارمین فرمانده سپاه مرتضی رضایی بود که از تیر سال ۵۹ تا شهریور سال ۱۳۶۰ تقریباً یک سال و دوماه عهدهدار این سمت بود. علت کنارهگیری او هیچ گاه به شکل صریح عنوان نشد. چنانچه رضایی سالهای طولانی نیز در سپاه خدمت کرد و گاه از او به عنوان فرمانده حفاظت اطلاعات سپاه و حتی جانشین سپاه نیز یاد شد و نهایتاً در همین نهاد انقلابی بازنشسته شد.
پایان فرماندهی مرتضی رضایی آغاز دورهای از فرماندهی در سپاه بود که طی آن تمامی فرماندهان این نهاد انقلابی تاکنون با حکم رهبری و در دورههای حداقل ۱۰ ساله عهدهدار این مسئولیت بودند. دوران ثبات در فرماندهی سپاه از محسن رضایی شروع شد. وی از سال ۶۰ الی ۷۶ (۱۶ سال) فرمانده سپاه بود. پس از آن رحیم صفوی از شهریور سال ۷۶ تا شهریور سال ۸۶ (۱۰ سال کامل)، عزیز جعفری از ۸۶ تا ۹۸ (تقریباً ۱۱ سال و هشتماه) و نهایتاً حسین سلامی فرمانده سپاه شد که از حدود سه سال پیش عهدهدار این سمت است.