2006 آلمان، سومين حضور ايران در جام جهاني بود، پس از يك صعود بدون دردسر با برانكو، تيم ملي فوتبال ايران خرداد 85 در آلمان به ميدان رفت. پرتغال، مكزيك، آنگولا تيمهاي همگروه ايران بودند، گروهي كه در همان نگاه اول سخت ارزيابي شد، اگر چه مديران بلندپروازي مانند محمد عليآبادي كه آن روزها رئيس سازمان تربيت بدني بود پيشبيني كرده بود كه ايران با شكست پرتغال و مكزيك ميتواند صعود كند. برخلاف اين پيشبينيها دو باخت و يك مساوي سهم ايران در سومين دوره حضور بود و مانند دوره قبلي تيم ملي فوتبال در همان مرحله گروهي حذف شد. در كنار كارنامه نه چندان خوب شاگردان برانكو در آلمان، بازار حاشيهها داغ داغ بود، حاشيههايي مانند لگد كريمي به جعبه وسايل پزشكي پس از تعويض، اعتراضهاي گسترده به حضور دايي در تركيب ايران و از همه پرحاشيهتر بركناري دادكان توسط عليآبادي دقايقي بعد از آخرين بازي ايران كه در نهايت منجر به تعليق فوتبال ايران شد.
ايران بازي نخست را ۲۱ خرداد در ورزشگاه نورنبرگ برابر مكزيك برگزار كرد. ايران نيمه اول را با بازي خوب به تساوي يك بر يك كشاند. اما، نيمه دوم با تصميم مربيان تيم و تعويض علي كريمي به لاك دفاعي فرو رفت و اين فرصت را به مكزيك داد كه با سه تعويض هجومي بازي را با پيروزي سه بر يك به سود خود پايان ببرد. نمايش بد شاگردان برانكو ايوانكوويچ در ديدار نخست مقابل مكزيك شكست 3 بر يك را به دنبال داشت. مكزيك گل اول را زد، اما اين نتيجه با گل بازيكني به تساوي انجاميد كه كمتر كسي احتمال گلزني وي را در جام جهاني ميداد. يحيي گل محمدي، بازي را به تساوي كشاند، اما ايران در ادامه دو گل ديگر از مكزيك خورد تا با شكست نخستين ديدار خود را پشت سربگذارد. برانكو پس از پايان اين بازي گفت: «مكزيك تيم پرتجربهاي بود؛ آنها از اشتباهات ما براي رسيدن به گلهاي بيشتر استفاده كردند.»
يكي از حاشيههاي پررنگ بعد از بازي با مكزيك، اعتراضهاي شديد هواداران فوتبال به بازي ضعيف دايي و حضور او كه آن روزها 36 ساله بود در تركيب تيم ملي بود، به طوري كه برخي براي بيرون رفتن دايي از تيم ملي دست به دعا بردند و نذر كردند. يك جوان 18 ساله خرمشهري پس از اين بازي گفت:«دايي در بازي با مكزيك فقط خطا ميكرد و مسئله برعكس شده بود به جاي اينكه مدافعان مكزيكي بر روي او خطا كنند، او بر مدافعان مكزيك خطا ميكرد. دايي در جريان بازي با مكزيك گم شده بود و ايران شانس آورد كه باز هم مدافعان در گلزني جور دايي را كشيدند. براي بازنشستگي دايي بچههاي خرمشهر نذر ميكنند.» اين واكنشها جدا از پيامكهاي طنزآميزي بود كه در اين رابطه ساخته شد و در نهايت سبب شد تا برانكو، دايي را در بازي دوم نيمكتنشين كند. دايي بعدها گفت كه برخي بازيكنان در جام جهاني 2006 توي چشمهايش نگاه ميكردند اما به او پاس نميدادند!
پرتغال حريف دوم ايران در جام جهاني آلمان بود. بازي با پرتغال 27 خرداد 85 در فرانكفورت برگزار شد، مصاف شاگردان برانكو و تيمي كه ستارههايي مانند فيگو، دكو و رونالدو را در اختيار داشت و مربياش لوئيز فليپه اسكولاري بود. در اين بازي، تيم ملي مانند ديدار اول نتوانست نمايش خوبي داشته باشد و با دريافت دو گل در نيمه دوم، شكست را پذيرفت. گلهاي اين ديدار را دكو در دقيقه 64 و كريستيانو رونالدو در دقيقه 80 از روي نقطه پنالتي به ثمر رساندند. پس از اين بازي اسكولاري در صحبتهايي جالب به تمجيد از فوتبال ايران پرداخت: «ايران تيم بسيار قدرتمندي بود و بازيكنان باكيفيتي داشت. اگر از تيم ايران سه بازيكن كنار بروند، اين تيم ميتواند جزو دو تيم قدرتمند منطقه خود شود.»
يكي از حاشيههاي بازي دوم ايران لگد علي كريمي به جعبه وسايل تيم پزشكي پس از تعويض در اين بازي بود. برانكو كه پس از اين بازي در كنفرانس مطبوعاتي آسيبديدگي را دليل تعوض كريمي عنوان كرده بود، چند سال بعد در واكنش به لگد معروف كريمي گفت: «من كريمي را درك ميكنم همه از او توقع زيادي داشتند اما اين بازيكن آسيبديدگي شديدي داشت و كار آساني نيست كه ظرف چهار ماه براي اين بازيهاي سنگين آماده شود. او بايد تمرينات زيادي انجام ميداد و خيلي غمگين و عصباني بود كه نميتواند پتانسيل واقعياش را نشان دهد.» پس از اين حاشيه، كريمي در بازي با آنگولا روي نيمكت نشست و حتي وقتي برانكو او را خواست به زمين بفرستد از اين تصميم امتناع كرد و گفت بهتر است بازيكنان جوان به جايش به ميدان بروند. يكي ديگر از حاشيههاي بازي ايران و پرتغال، خطاي شديد كعبي روي فيگو بود، به طوري كه جاي استوكهاي بازيكن ايران روي صورت هافبك اين تيم اروپايي به يادگار ماند!
با دو شكست ايران مقابل مكزيك و پرتغال، عملاً شاگردان برانكو شانس صعود به مرحله بعد را از دست دادند تا بازي سوم با آنگولا در لايپزيك تشريفاتي شود؛ مسابقهاي كه 31 خرداد 85 برگزار شد و با تساوي يك – يك به پايان رسيد. گل نخست توسط آنگولاييها روي يك ضد حمله و با ضربه سر به ثمر رسيد. پس از اين گل ايران آرايش هجوميتري گرفت و موفق شد از روي يك ضربه كرنر و با ضربه سر سهراب بختياريزاده به گل تساوي برسد. در نهايت تيم ملي فوتبال ايران با دو شكست و يك تساوي در پايين جدول D ايستاد و آنگولا در نخستين تجربه جام جهانياش با دو تساوي و تنها يك شكست بالاتر از ايران قرارگرفت!
بازي با آنگولا هم براي ايران بيحاشيه نبود. پس از سوت پايان اين مسابقه محمد عليآبادي رئيس وقت سازمان تربيت بدني كه در جايگاه ويژه ورزشگاه نشسته بود حكم به بركناري دادكان را داد. اين در حالي بود كه رئيس بركنار شده فدراسيون فوتبال پيش از آغاز جام جهاني به طور ضمني اعلام كرده بود با توجه به اختلافش با عليآبادي استعفا خواهد داد. كنار گذاشتن دادكان از سوي عليآبادي هزينههاي زيادي داشت و واكنش فيفا را به همراه داشت كه معتقد بود نبايد دولت در فوتبال دخالت كند. به همين خاطر فيفا، فوتبال ايران را تعليق كرد و پس از چند ماه و نگارش اساسنامه جديد و كوتاه كردن دست دولت از دخالت در فوتبال، اين تعليق برطرف شد.
