شاید بتوان گفت که مهمترین ویژگی دوران رهبری و زعامت امام خامنه‌ای (مدظله‌العالی) عبارت است از سرعت، تنوع و پیچیدگی تحولات و شرایط. رهبری در این شرایط متحول، با توان و ظرفیت‌های عادی و براساس الگو‌های رایج مدیریت و رهبری، به طور قطع، دشوار است. پیچیدگی و تنوع رخداد‌های حادث شده در ابعاد ملی و بین‌المللی مانند جنگ اول خلیج فارس، جنگ افغانستان، ماجرای میکونوس، جنگ دوم خلیج فارس، بحران هسته‌ای، فتنه تکفیری‌ها در منطقه و... در بعد منطقه‌ای و بین‌المللی و در بعد ملی، غائله منتظری، غائله ۱۸ تیر ۷۸، قتل‌های زنجیره‌ای، تحصن نمایندگان مجلس ششم و سایر اغتشاشات در برخی نقاط کشور در دوره اصلاحات و در دوره بعدی، وقوع فتنه ۸۸ نمونه‌هایی از بحران‌های ایجاد شده در طول زعامت ایشان است؛ مسائل و بحران‌هایی که چه بسا وقوع هر یک از آنها در جا‌های دیگر می‌توانست هزینه‌های سهمگین یا تحولات ناخواسته‌ای، چون سرنگونی را در پی داشته باشد، اما در ایران عبور از این چالش‌ها به طور عمده با کم‌ترین هزینه صورت گرفته است. نقش بی‌بدیل رهبری معظم انقلاب در عبور از این چالش‌ها، عنصری تعیین‌کننده بوده و از این‌رو، سؤال این است که شیوه مدیریت مقام معظم رهبری در مواجهه با این حوادث و مدیریت آنها چگونه بوده است. مهمترین شیوه‌های مواجهه معظم‌له با این بحران‌ها که به عبور موفق از آنها منجر شده، عبارت‌اند از:
۱. محکومیت خودسری و برخورد با آن: به عنوان مثال، در غائله ۱۸ تیر ۷۸ وقتی عده‌ای از افراد خودسر به خوابگاه دانشجویان حمله کردند، معظم‌له این اقدام خودسرانه را محکوم و تأکید کردند که با عوامل این کار باید برخورد شود و متخلف مجازات شود که به دنبال این تأکید، افراد متخلف محاکمه و مجازات شدند. در فتنه ۸۸ نیز در ماجرای کهریزک، ایشان دستور برخورد با مأموران متخلف و تعطیلی کهریزک را صادر کردند. معنای این راهبرد این است که اقدامات خلاف قانون مخالفان، هرگز مجوزی برای ارتکاب به اقدامات مشابه از سوی خودی‌ها نیست. دقت در اجرای این راهبرد، نقش مهمی در جلوگیری از افزایش هرج و مرج و حفظ ثبات کشور در شرایط بحرانی داشته است.
۲. ماهیت‌شناسی بحران‌ها و تبیین و تحلیل سناریو‌ها و اهداف دشمن: ایشان همچنین به منظور پرهیز از غفلت، حفظ بسیج سیاسی و فروکش نکردن روحیه انقلابی در شرایط بحرانی، با تبیین ماهیت بحران‌ها و بازیگران آنها، سناریو‌ها و اهداف دشمنان نظام و انقلاب را به‌خوبی تبیین می‌کنند. درواقع، از دیدگاه ایشان، شکل‌گیری بحران‌ها در داخل کشور، علاوه بر برخی زمینه‌های داخلی، همواره با حمایت و توطئه عوامل بیرونی نیز همراه است. تأکید ایشان بر نقش «مثلث آشوب» در وقایع دی ماه ۱۳۹۶ گویای این حقیقت است که ایشان تحلیل دقیقی از اوضاع و شرایط دارند و با بازگو کردن آن برای مردم، سعی دارند تبعات هرگونه سهل‌انگاری و غفلت در لحظه‌های بحرانی را گوشزد کنند. به عبارتی، ایشان در الگوی مواجهه با بحران‌ها، درک ریشه‌های خارجی و اهداف دشمنان برای به ثمر نشاندن فتنه‌ها در داخل کشور را مهم می‌دانند و تأکید بر این عامل را لازمه‌ای برای حفظ انسجام جبهه انقلاب در مواقع بحرانی و عبور از آن شرایط می‌دانند.
۳. تأکید بر قانون‌گرایی: در برهه‌های بحرانی، معظم له همواره قانون را فصل الخطاب می‌دانند و با صبر و شجاعت بر آن تأکید می‌کنند. در روز‌هایی که سران فتنه ۸۸ به دلیل آشوب‌آفرینی گمان می‌کردند که می‌توانند به روش‌های آنارشیستی از انقلاب امتیاز بگیرند، کوتاه نیامدن رهبر انقلاب از قانون و تأکید ایشان بر قانون‌مداری در برابر مطالبات غیرقانونی فتنه‌گران بخشی از پروژه فتنه را عقیم کردند. مشخص است که در دل این اصل، اعتماد به نظام، ساختارها و کارگزاران آن نهفته است؛ یعنی از دیدگاه ایشان، قانون‌گرایی معادل اعتماد به نظام، ساختارها، رویه‌ها و کارگزاران آن در شرایط بحران و لازمه‌ای برای عبور از آن است.
۴. تلاش برای وحدت نخبگانی و وادار کردن نخبگان به حمایت از نظام: واضح است که رهبری به تنهایی نمی‌تواند امواج فتنه و بحران را دفع کند. از این‌رو، علاوه بر حمایت‌های مردمی، حمایت‌های نخبگانی نیز پشتوانه و لازمه مدیریت موفق ایشان در شرایط بحرانی است. براین اساس، رهبری معظم انقلاب در مواقع بحرانی همواره سعی دارند با گوشزد کردن رسالت‌های خطیر نخبگان، آنها را به حمایت از نظام بسیج کنند؛ اقدامی که در غائله ۱۸ تیر ۷۸ و در فتنه ۸۸ موردتوجه ایشان بود.
۵. استفاده استعاری از الگو‌های تاریخ اسلام: تبیین دقیق حوادث صدر اسلام و تطبیق آنها با حوادث و شرایط روز جامعه و کشور، بخش دیگری از الگوی نظری خنثی‌سازی بحران‌ها از دیدگاه معظم‌له بوده است. اوج این استفاده‌های استعاری را می‌توان در فتنه ۸۸ دید.
۶. جذب حداکثری و دفع حداقلی: مدارا با مخالفان اصل مهم دیگری است که در راهبرد عبور از بحران‌ها موردتوجه رهبر معظم انقلاب بوده و در قالب اصل «جذب حداکثری و دفع حداقلی» عملیاتی شده است. در قالب این اصل، معظم‌له درصدد بوده با حداقل ریزش و هزینه، بحران‌ها پشت‌سر گذاشته شود.
۷. جدا کردن صف مردم از ضدانقلاب: رهبری معظم انقلاب در الگوی مدیریتی خود در بحران‌ها، همواره بر تفکیک اکثریت مردم مؤمن و انقلابی با اقلیت ضدانقلاب و برانداز تأکید داشته‌اند. شاید بتوان گفت که پیگیری روش‌های مختلف برای تحقق این هدف مهم باشد. به عبارتی، سایر روش‌ها و اصول را می‌توان مقدمه و زمینه‌ای برای ایجاد فاصله میان مردم و اهل آشوب و فتنه دانست، زیرا چنانچه این مهم محقق شود، عوامل بحران و فتنه، خلع سلاح می‌شوند.
۸. مردم‌محوری: مردم‌محوری رکن دیگر در الگوی مدیریت بحران از سوی رهبر معظم انقلاب است. درواقع، ایشان در برهه‌ها و مقاطع حساس همواره بر حضور مردم در صحنه و نقش‌آفرینی آنها به عنوان مؤثرترین و برنده‌ترین سلاح تأکید دارند. به عنوان مثال، ایشان برای پایان دادن به غائله ۱۸ تیر نه از نیرو‌های نظامی و انتظامی، بلکه از مردم خواستند تا در صحنه حضور یابند. در فتنه ۸۸ نیز در نهایت، با اتکا بر همین شیوه بود که بساط فتنه و فتنه‌گران برچیده شد.
