وي به دليل تأثيرگذاري فراوان در جريان انقلاب، به شدت مورد خشم دشمنان انقلاب قرار داشت و چندبار نيز مورد سوءقصد قرار گرفت. سرانجام در ماه مبارك رمضان مصادف با يازدهم تيرماه سال ۱۳۶۰ (ه. ش) بعد از نماز پرشكوه جمعه، مورد حمله انتحاري مزدور منافقين «محمدرضا ابراهيمزاده» - اهل نائين- قرار گرفت و در سن ۷۵ سالگي شربت وصال محبوب را سركشيد و بحق «شيخ الشهداي محراب» لقب گرفت.
عملياتهاي تروريستي انتحاري، بخشي ديگر از كارنامه سياه گروهك تروريستي منافقين است. در اين عمليات تروريستي، در حالي كه شهيد صدوقي پس از اداي نماز جمعه جايگاه نماز را ترك ميكرد، عامل تروريست منافقين كه ملبس به لباس ارتشي و حامل دو قبضه نارنجك جنگي بود، خود را به ايشان نزديك كرد و ايشان را به آغوش كشيد و خود را منفجر كرد. در اين حادثه علاوه بر شهيد آيتالله صدوقي، تعدادي از پاسداران محافظ ايشان مجروح شده و سه نفر از نمازگزاران نيز مظلومانه به شهادت رسيدند.
گروهك تروريستي منافقين با بازسازي صحنه ترور و بررسي نحوه عمليات انتحاري توسط يكي از اعضاي اين سازمان به نام «محمدرضا ابراهيمزاده» در تلويزيون خود، از اين عمليات تروريستي به عنوان يك عمليات فدايي ياد ميكند! و عملاً مشي تروريستي خود را كاملاً به تصوير ميكشد. منافقين در شماره ۴۵ نشريه اتحاديه دانشجويان مسلمان خارج از كشور(صفحه ۲) با انتشار اطلاعيهاي به ترور آيتالله صدوقي اعتراف كرده و به اين عمل ننگين و تروريستي خود افتخار ميكنند. در اين اطلاعيه به ترور آيتالله مدني، دستغيب و هاشمينژاد نيز اشاره شده است. اتحاديه انجمن دانشجويان كه يكي از شاخههاي گروهك تروريستي منافقين است همچنين با صدور اطلاعيه ديگري در نشريه خود (شماره ۵۱، 5/6/1361، صفحه ۱۵) اين جنايت را بر عهده گرفت و عامل اين جنايت را معرفي كرد: «اطلاعيه سياسي نظامي گروهان (خانواده مصباح ) در رابطه با ترور (آيتالله) صدوقي از طريق عمليات فدايي (انتحاري) توسط مجاهد شهيد «محمدرضا ابراهيمزاده»: بار ديگر دست انتقام خداوند از آستين مجاهد قهرماني از اين ميهن خون بار بيرون آمد و عنصر پليد و جنايتكار (آيتالله) صدوقي خائن را به هلاك رسانيد. (آيتالله) صدوقي به دليل ارتكاب تمامي اعمالش در دادگاه خلق به اعدام انقلابي محكوم و واحد عملياتي مجاهد «سياوش ابراهيمي» عهدهدار اجراي اين حكم انقلابي گرديد.» همچنين در سند ديگري در نشريه مجاهد مورخ سهشنبه ۸ تير ۱۳۷۸، منافقين به انجام اين جنايت تروريستي اعتراف و از عامل تروريست اين عمليات تجليل ميكنند.
نحوه آشنايي و همراهي صدوقي با امام از كلام خود شهيد
دو، سه روز پس از ورود به قم، با امام خميني آشنا شدم و كمكم آشنايي ما بالا گرفت و به رفاقت كشيد و گاه در تمام مدت شبانهروز با ايشان بودم در اين مدت طولاني كه در قم بوديم، انس ما عمده با ايشان بود و نميشد هفتهاي بگذرد و دو، سه جلسه در خدمتشان نباشيم. امام خميني در تدريس فلسفه، عرفان، فقه و اصول استاد اول شناخته ميشدند. در آن وقت امام خميني يك از مدرسين خيلي مبارز حوزوي بودند كه همه ايشان را به عنوان اينكه يك آقاي فوقالعادهاي است، ميشناختند. تدريسشان هم خيلي بالا گرفت و با اينكه آقايان مراجع هم بودند ولي تدريس ايشان در قم اولويت پيدا كرد. يادم هست كه امام خميني در مسجد ما نزديك محله يخچال قاضي تدريس ميكردند و مسجد تقريباً پر ميشد و ايشان يك آقاي معروفي مشهور به فلسفه و عرفان و فقه و اصول و استاد اول شناخته ميشدند. بنده در سال 1349 قمري كه وارد قم شدم. دو سه روز پس از ورود، با امام خميني آشنا شدم و كمكم آشنايي ما بالا گرفت و به رفاقت كشيد و گاه در تمام مدت شبانهروز با ايشان بودم. در اين مدت طولاني كه در قم بوديم، انس ما عمده با ايشان بود و نميشد هفتهاي بگذرد و دو، سه جلسه در خدمتشان نباشيم.
