در حكم جديد كه آقاي هاشمي رفسنجاني مجدداً به رياست مجمع منصوب شدند برخي از چهرههاي سياسي و فرهنگي جديد جايگزين برخي از شخصيتهاي حقيقي عضو اين مجمع شدند. مقاممعظم رهبري اگرچه در اين حكم جديد بر اجراي توصيههاي گذشته خود به مجمع تأكيد و نكات ديگري را نيز به پيوست ابلاغيه مذكور معطوف كردند، اما در پايان همه اعضاي اين دوره را به رعايت صلاح و سداد و اتقان و انصاف و جامعيت و رعايت مصلحت نظام به معني اتم كلمه و حضور فعال در جلسات مجمع و كميسيونهاي مربوطه موظف نمودند.
ضرورت تشكيل نهاد مجمع زماني احساس شد كه در مورد رفع اختلاف بين مجلس و شوراي نگهبان در شرايطي كه مجلس تصويب قانوني را متناسب با نياز زمان ضروري ميدانست و شوراي نگهبان به دليل احكام صريح شرع مقدس نميتوانست آن را تأييد كند، ساز و كار قانوني پيشبيني نشده بود و به همين دليل ابتدا در دوران حضرت امام خميني(ره) قرار بر اين شده بود كه اگر دو سوم مجلس بر موضوعي به عنوان ضرورت تأكيد و آن را تصويب كرد ديگر نيازي به تأييد شوراي نگهبان نبود و مصوبه مجلس لازم الاجرا بود كه البته اجراي اين شيوه هم به دليل مشكلات كسب دو سوم آرا و همچنين ابهام در مورد دوران ضرورت و... دشوار بود. تا اينكه حضرت امام(ره) در تاريخ ۱۷/۱۱/۱۳۶۶ در پاسخ به درخواست مسئولان كشور فرمان تشكيل مجمع تشخيص مصلحت نظام را صادر فرمودند و اين نهاد بعداً در بازنگري قانون اساسي در سال ۱۳۶۸ در اصل يكصد و دوازدهم قانون اساسي تثبيت شد، بر اساس اين اصل، مجمع تشخيص مصلحت نظام براي تشخيص مصلحت در مواردي كه مصوبه مجلس شوراي اسلامي را شوراي نگهبان خلاف موازين شرع يا قانون اساسي بدانند و مجلس با در نظر گرفتن مصلحت نظام، نظر شوراي نگهبان را تأمين نكند يا مشاوره در اموري كه رهبري به آنان ارجاع ميدهد و همچنين ساير وظايفي كه در اين قانون ذكر شده است به دستور رهبري تشكيل ميشود.
اما فارغ از وظايف قانوني مجمع، حوادث سالهاي اخير و به ويژه ماجراي فتنه بعد از انتخابات دهم رياست جمهوري و ارتباط بخشي از آن حوادث با فرزندان آقاي هاشمي رفسنجاني يا نامه ايشان به مقام معظم رهبري در آستانه انتخابات و خطبههاي نماز جمعه ۲۶ تير ۸۸ آقاي هاشمي كه به منزله پايان دوره امامت موقت جمعه آقاي هاشمي بود از يك سو و حضور نيافتن آقاي احمدينژاد به عنوان رئيسجمهور و يكي از شخصيتهاي حقوقي كه بايد در مجمع حضور مييافت، حساسيت سياسي مجمع را بيش از حساسيت جايگاه قانوني آن كرده بود به گونهاي كه بسياري از رسانههاي بيگانه احتمال عدم تمديد حكم آقاي هاشمي را در دوره جديد داده بودند، اين گمانهزنيها در هفتههاي اخير تا به آنجا اوج گرفته بود كه مصاحبه اخير آقاي هاشمي با سايت خبري دي نيوز با بازتاب گسترده جهاني همراه شد زيرا در آن مصاحبه آقاي هاشمي از آييننامه نحوه نظارت مجمع بر سياستهاي كلي نظام و عملكرد دولت در اين عرصه سخن به ميان آورده بود كه حدود دو سال است براي تأييد و اصلاح مقام معظم رهبري ارسال شده و برنگشته كه آقاي هاشمي ميگويد: عملاً دست ما در اين عرصه بسته است. اين موضع غيرقابل انتظار از آقاي هاشمي در رسانههاي بيگانه تحت عنوان ناگفتههاي آقاي هاشمي از «كارشكني» در كار مجمع تشخيص مصلحت نظام، بازتاب داده ميشود. عدم حضور آقاي احمدينژاد در جلسات اين مجمع نيز اگرچه ممكن بود در اوايل به دليل برخي برخوردها از سوي ايشان قابل توجيه باشد، ولي تداوم آن به ويژه، با صراحت قانون اساسي و تأكيد مقام معظم رهبري مبني بر حضور فعال همه اعضا در جلسات، قابل توجيه نيست و اين نكتهاي است كه از منظر مردم بصير و فهيم ايران اسلامي مغفول نمانده است. در ماههاي اخير و پس از برگزاري انتخابات شكوهمند نهمين دوره مجلس شوراي اسلامي كه نمادي از تجلي بصيرت و صبر مردم ايران در برابر فشارها و تهديدات دشمنان بود، انتظارات و توقعات مردم از مسئولان با گذشته متفاوت شده است كه شايد تركيب آراي مردم در اين انتخابات را بتوان نمادي از آن دانست و به همين دليل است كه عملكردهاي گذشته و به ويژه نوع واكنش آقاي احمدي نژاد به سؤال نماينده مجلس در روز چهارشنبه در تراز اين مردم فهيم ارزيابي نميشود.