در اداره کل عفو و بخشودگی، مجموعهای وجود دارد به اسم کمیسیون مرکزی عفو و بخشودگی. کارشناسان کمیسیون مرکزی عفو و بخشودگی در واقع افراد مورد اعتماد رئیس قوه قضائیه هستند و بر اساس همان سیاستهای ابلاغی قوه قضائیه، پروندهها و درخواستها را بررسی میکنند. مرحله آخر عفو محکومان هم به این شکل است که در مناسبتهای مختلفی که در آییننامه عفو و بخشودگی پیشبینی شده، پس از تصویب عفو از طرف رئیس قوه قضائیه، لیست نهایی محضر رهبر معظم انقلاب ارسال میشود. در آنجا هم بعد از انجام کار کارشناسی با نظر مقام معظم رهبری افرادی که در لیست اسامیشان قرار گرفته و کار کارشناسی آنها تمام شده است، مورد عفو و بخشش یا تخفیف مجازات قرار میگیرند.
یکی از مواردی که در سند تحول قوه قضائیه مورد تأکید قرار گرفته بود توسعه کمی و کیفی اعطای عفو و بخشش به محکومان بود. بر همین مبنا هدفمند کردن عفوهای اعطایی از ناحیه رهبر معظم انقلاب مورد تأکید قرار گرفته است. بند ۱۱ از اصل یکصد و دهم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران این حق را به رئیس قوه قضائیه داده که تحقیق و کارشناسی روی پرونده محکومان به منظور بخشش را انجام دهد. در واقع در صورتی که رئیس قوه قضائیه تشخیص داد محکومی (چه در زندان به سر برد چه خارج از زندان باشد) استحقاق تخفیف یا عفو را دارد، مورد عفو قرار دهد. تحقیق در پرونده محکوم هم وقتی تکمیل شد گزارش خدمت رهبر معظم انقلاب اعلام و درخواست عفو میشود. معاونت قضایی قوه قضائیه از چهار اداره کل تشکیل شده است. یکی از ادارات، اداره کل بررسی پروندههای خاص است. در این بخش، پروندههای خاص شامل پروندههایی که نیازمند رسیدگی مجدد است در قالب اجرای ماده ۴۷۷ قانون آیین دادرسی کیفری بررسی میشود.
اداره کل دوم که در سطح کشور و نهادهای قضایی پخش است، اداره کل عفو و بخشودگی است که بسیار مهم و تأثیرگذار است. اداره کل سوم هم تصفیه امور ورشکستگی را برعهده دارد و قبل از انقلاب تأسیس شده است. اداره کل امور قضایی هم چهارمین اداره است و همه بخشهای قضایی قوه قضائیه عملکردشان در شعاع این اداره قرار میگیرد.