پژوهشگاه شاخص پژوه با مجوز رسمی و قطعی وزارت علوم طی تصویب در وزارت علوم دولت نهم و هیئت امنای قبلی دانشگاه به مدت ۳۰ سال، در دل دانشگاه اصفهان شکل گرفت و در سال ۸۷ ابتدا گروه پژوهشی آن تشکیل شد و در ادامه در سال ۸۹ به مرکز پژوهشی ارتقا یافت. سپس در سال ۹۱ با مجوز رسمی وزارت علوم در قالب پژوهشکده اقدام به جذب دانشجوی پژوهش محور در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری کرد. این پژوهشگاه از ابتدا تاکنون افتخارات زیادی کسب کرده و برترین پژوهشگاه کشور در حوزه دکتری پژوهش محور است.
رسالت اصلی پژوهشگاه، تولید علم و اجرایی کردن سیاستهای ابلاغی رهبری در حوزه علم و فناوری و تجاری سازی علوم است و هم اکنون مبتنی بر فعالیتهای پژوهشی پژوهشگاه ۱۰ خط تولید محصولات دانشبنیان را راهاندازی کرده است. همچنین پژوهشگاه موفق به کسب بسیاری از افتخارات در دولت یازدهم شده است به گونهای که در سال ۹۲ در حوزه تجاریسازی علوم توسط وزارت علوم به عنوان پژوهشگاه برتر انتخاب شد و در اسفندماه ۹۵ توسط وزارت کار به عنوان برترین مرکز کارآفرینی استان تهران شناخته شد. متأسفانه وزارت علوم در یک اقدام ناگهانی مجوز پژوهشگاه را لغو و منحل اعلام کرد و ۳۰۰ دانشجوی ارشد و دکتری این پژوهشگاه را بدون هیچ دلیل قانونی به حالت معلق در آورد. با تعویض ریاست دانشگاه اصفهان در اسفند ماه ۹۲ با روی کار آمدن دولت یازدهم مشکل آفرینی برای پژوهشگاه آغازشد و ریاست فعلی دانشگاه اصفهان اعلام داشته است من مصوبات ریاست قبلی، وزارتخانه دولت قبل و هیئت امنای قبلی دانشگاه را قبول ندارم،لذا باید پژوهشگاه منحل گردد، این در حالی است که تاکنون پژوهشگاه خدمات زیادی داشته و هزینههای زیادی را هم اعضای این پژوهشگاه متقبل شدهاند. وزرات علوم در اقدامی نادرست بندهای پذیرش دانشجویان بورسیه را حذف کرده و اعلام داشته است این افراد بعد از چهار سال تحصیل دوباره باید آزمون ورودی دهند، در حالی که تمام مجوزهای رسمی جذب این دانشجویان وجود دارد. میلیاردها تومان در طول این سالها هزینه شده که عملکرد بسیار درخشان پژوهشگاه را هم در همین مدت اندک در پی داشته است، اما با تعویض دولتها و ریاست دانشگاه سیاسیبازیها و حاشیه درست کردن برای پژوهشگاه شروع شد.
ما از معاونت آموزشی وزارتخانه میخواهیم که پاسخ دهند چگونه پژوهشگاهی که تا سال ۹۴ مجوز جذب دانشجو از دولت یازدهم دریافت میکرده است امروز تحت فشار قرار میگیرد که منحل گردد؟!