آيتالله سيد مصطفي خميني، فرزند ارشد امام و عالمي به كمال و مبارزي هوشيار و شجاع بود كه امام(ره) از او به عنوان اميدآينده اسلام نام بردند. با آن كه او نزديكترين فرد به امام(ره) بود و همگان درگذشت او را غير طبيعي ميدانستند و خواهان كالبدشكافي بودند، امام(ره)با اين كار موافقت نكردند. دولت عراق علت مرگ را مسموميت و ساواك ايران سكته قلبي اعلام كرد.
امام(ره) در واكنش به اين مصيبت فقط سه بار فرمودند: «انا لله و انا اليه راجعون» و كوچكترين بيصبري از خود نشان ندادند تا اين مصيبت فراتر از مصايبي كه رژيم شاه بر سر مردم ميآورد، تلقي نشود. با انتشار خبر درگذشت آيتالله سيد مصطفي خميني در ايران، بازارها و حوزههاي علميه تعطيل شدند و بهرغم فشار ساواك، اقشار مختلف مردم با گرايشات گوناگون سياسي در مساجد به عزاداري پرداختند. نيروهاي امنيتي در آمادهباش كامل بودند تا جلوي هر نوع تحركي را بگيرند، اما وحدت مردم و هوشياري رهبران انقلاب، امكان هر واكنشي از سوي آنان را ناممكن ساخت و مجالس عزاداري آيتالله سيد مصطفي خميني به فرصت مناسبي براي مخالفت با رژيم پهلوي و تجليل از امام(ره) تبديل شد. در مجالس ترحيم، سخنرانان به تشريح مواضع امام(ره) و تبيين وظايف مردم در پيروي از ايشان و پخش اعلاميههاي ضد رژيم پرداختند و مبارزات جنبه علني پيدا كردند.
در بعد از ظهر اول آبان ۵۶ آيتالله گلپايگاني مجلس ترحيمي را برگزار كردند كه در آن عدهاي از طلاب شعار درود بر خميني سر دادند و مجلس به هم خورد و حاضرين با سرعت مسجد را ترك كردند. در هنگام خروج جمعيت از مسجد اعلاميههايي به امضاي روحانيون مبارز قم و كنفدراسيون دانشجويان ايراني پخش شد. در ساير نقاط ايران هم وضعيت كم و بيش همين گونه بود. يكي از مهمترين مجالس ترحيم سيد مصطفي خميني در ۸ آبان در مسجد ارگ تهران، با شركت بازاريان، تجار، اساتيد دانشگاه و دانشجويان، روحانيون و نيروهاي مذهبي برگزار شد كه اولين هشدار جدي مخالفان سياسي به رژيم پهلوي بود و ساواك را به واكنشهاي جدي وادار كرد.
در اين مجلس كه حدود ۳هزار نفر شركت كرده بودند و براي سايرين جا نبود، آقاي روحاني درباره شخصيت مذهبي امام(ره) و تلگرافات تسليت رسيده از ساير كشورها سخنراني كرد. تركيب افراد شركتكننده در اين مجلس به نوعي نشاندهنده اتحاد مخالفان حكومت پهلوي بود. داريوش همايون، وزير اطلاعات وقت كابينه جمشيد آموزگار، مجلس مسجد ارگ را اين گونه تفسير ميكند: «پس از مرگ پسر خميني، مجلس يادبودي كه برايش در مسجد ارگ برگزار كردند، نقطه تجمعي شد براي همه قشرهاي پيشرو و ليبرال و آزاديخواه و جبهه ملي و چپ. هرچه كه بود، غير از نظام حكومتي، چهرههاي برجستهاش آنجا ظاهر شدند. پيدا بود كه رهبري مذهبي توانسته است همه اينها را جمع و بسيج كند».
