ساخت و سازهاي غيرمجاز در حريم مسجد آقانور و نبود اعتبارات مالي لازم براي مرمت و بازسازي، اين مسجد را كه يكي از شاهكارهاي معماري عهد صفوي در اصفهان به شمار ميرود، با تهديد جدي روبه رو كرده است.
بارندگيهاي فصل پاييز و زمستان سالهاي گذشته سبب شده تا ديوارهها، گنبد و محراب مسجد آقا نور دچار نم زدگي شده و كاشيكاريهاي معرق زيباي ديوارهها تخريب شود.
مجيد شاه آبادي از نمازگزاران مسجد اظهار داشت: هرچند ميزان بارندگي در شهر اصفهان طي سالها گذشته بسيار كم بوده اما همين ميزان بارش اندك به دليل تخريب بخشهايي از سنگهاي مرمر سقف شبستان مسجد به طور كامل وارد گنبد و سقف شده و سقف و گنبد مسجد را تهديد ميكند.
شاه آبادي با اشاره به تركهاي موجود در سقف و گنبد مسجد گفت: اگر به سرعت براي مرمت مسجد اقدامي صورت نگيرد و وضعيت موجود ادامه پيدا كند، برگزاري نماز جماعت در مسجد از نظر امنيت براي نمازگزاران وجود نخواهد داشت و صدمات جبران ناپذيري به اين اثر ارزشمند تاريخي وارد ميشود.
در حال حاضر مسجد آقا نور در وضعيت مناسبي قرار ندارد و بارندگيهاي ماههاي آينده اصفهان سبب تخريب بخشهاي زيادي از اين بناي ارزشمند صفوي خواهد شد، هرچند مسجد آقانور در سال 1365 به دليل بمباران هوايي نيز دچار آسيب شد و بخشي از ايوان شرقي و بخش بزرگي از شبستان مسجد به دليل لرزشهاي ناشي از انفجار فرو ريخت اما اين بار نه بمباران هوايي بلكه موريانهها و نم در حال تخريب و از بين بردن مسجد هستند.
