يكي از موارد اختلاف در پروندههاي مواد مخدر بحث تعيين ميزان خلوص مواد مخدر است؛ مواد مخدري كه به دست مردم ميرسد، معمولاً از نوع خالص نيست و با مواد ديگر مخلوط شده است، در صورتي كه براي دادن حكم قضايي، بايد ميزان خالص در نظر گرفته شود، مثلاً طبق قانون نگهداشتن 31 گرم هروئين مجازات اعدام دارد. بنابراين گاهي در نظر نگرفتن اين مسئله موجب نقض رأي در دادستاني كل ديوان عالي كشور ميشود.
نكته ديگر اينكه حضور وكيل در جرائمي كه مجازاتشان حبس ابد و اعدام است، الزامي است و قانون حضور وكيل براي هر متهم را لازم دانسته، اما گاهي دادگاهها براي سرعت بخشيدن به رسيدگي پروندهها به حضور يك وكيل براي چند متهم اقدام ميكنند كه اين مسئله نيز ميتواند موجب نقض رأي در ديوان عالي كشور شود.
يكي ديگر از مواردي كه مورد اختلاف است، بحث نگهداري به قصد فروش است. دادگاهها معمولاً تصور ميكنند، وقتي متهمي سابقهدار است، مواد را براي فروش نگه داشته و ميتواند به مجازات فروش محكوم شود، ولي اگر هم نگهداري به قصد فروش باشد،چون فروش صورت نگرفته، بايد براساس نگهداري مواد مخدر براي آن مجازات تعيين شود.
بحث ديگر اين است كه ممكن است كسي در دفعات متعدد، مرتكب جرم نگهداري مواد شود، مثلاً 20 بار و هر بار دو گرم هروئين نگه دارد. در اينجا نميتوان فرد را به نگهداري 40 گرم محكوم كرد. اگر در يك مرحله از كسي انواع موادمخدر كشف شود، آنجا ميتوان مواد را جمع كرد ولي اگر در چند دفعه اقدام كرده، نميتوان ميزان مواد را با هم جمع كرد.
