متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسمه تعالی
با تأسف فراوان خبر درگذشت روحانی مبارز و آزاده جناب حجةالاسلام آقای
حاج شیخ جعفر شجونی را دریافت کردم. آن مرحوم از مبارزان دیرین با رژیم
طاغوت و از وفاداران به امام و انقلاب و نظام مقدس جمهوری اسلامی در سراسر
عمر تبلیغی خود بود. منبرهای روشنگر و بیان صریح و شیرین او خاطرههای
ماندگاری در ذهن و دل آشنایان این روحانی شجاع بر جای گذاشته است.
از خداوند متعال غفران و رحمت برای آن مرحوم و صبر و اجر برای بازماندگانشان مسألت میکنم.
سیّد علی خامنهای
17/آبان/1395