محمدحسین صفارهرندی در واکنش به برخی حاشیه‌سازی‌ها در مورد بودجه نهاد‌های حوزوی و جامعه‌المصطفی (ص)، گفته «واقعاً نمی‌دانیم که جامعه المصطفی با این‌ها چه کرده است که همیشه این روز‌ها داد آن‌ها برپا است؛ این نهاد چه کرده است، جز اینکه در جای جای جهان جای پای انقلاب اسلامی دیده می‌شود. برخی دانش‌آموختگان المصطفی به مقامات عالی برخی از کشور‌ها رسیده‌اند؛ همین کار را که امریکایی‌ها می‌کنند به تحسین آن‌ها می‌پردازند که به چه آینده نگری‌ای دست زدند؟ کل بودجه فرهنگی کشور نسبت به کل بودجه ۵ /۲ درصد بودجه است ولی همیشه حوزه و نهاد‌های حوزوی را سیبل خود قرار می‌دهند تا آدرس غلط بدهند.» واکنش صفارهرندی به سخنان حسام‌الدین آشناست، وقتی‌که دانشجویان در مراسمی دانشجویی درباره شفافیت بودجه نام «جامعه المصطفی» را بر زبان می‌آورند، می‌گوید که «امروز دانشجویان اسم یک نهاد به نام جامعه‌المصطفی را می‌دانند، اما سایر نهاد‌ها را نمی‌شناسند. پشت هر ردیف بودجه یک قبیله و یک پدر و مادر قرار دارد! شما فقط جامعه المصطفی را می‌شناسید، هزار نهاد دیگر وجود دارند که اصلاً اسمشان را هم نشنیده‌اید. وقتی می‌خواهیم بودجه‌شان را قطع کنیم، کل بودجه کشور را گروگان می‌گیرند، تا تکلیف آن یک ردیف مشخص شود.» این ادعای حسام آشنا باعث انتقادات بسیاری به او شد و در نهایت باعث عقب‌نشینی او شد و توضیح داد که «همگان می‌دانند که جامعه‌المصطفی یکی از نوآوری‌های حوزوی در عرصه دیپلماسی فرهنگی است.ای‌کاش بقیه مؤسسات بودجه گیر هم به اندازه این مؤسسه فعال بودند.»
جالب آنکه بودجه «جامعه‌المصطفی (ص)» با ۵۲ هزار دانشجوی خارجی و دست‌کم ۱۷۰ مرکز تابعه در ده‌ها کشور جهان تنها ۲۰۰ میلیارد تومان در بودجه ۹۸ است و نسبت به بودجه سال قبل این مرکز ۳۳ درصد یعنی حدود ۱۰۳ میلیارد تومان کم‌تر شده است. رقمی که برای مؤسسه‌ای با این وسعت بسیار کم است.
