متن حاضر بخشی از یادداشت‌های آیت‌الله شهید حاج سیدمصطفی خمینی در خصوص آغاز نهضت اسلامی و قیام خودجوش ملت ایران در ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ ش. است که برای اولین بار منتشر می‌شود. این یادداشت‌ها برگرفته از نوشته‌هایی است که مرحوم سید مصطفی خمینی درباره زندگی حضرات معصومین صلوات‌الله علیهم اجمعین نوشته است. آن شهید والا در ابتدای این نوشته‌ها می‌نویسد:
«روز چهارشنبه هجدهم ماه شوال‌المکرم به خاطرم افتاد که بقیه کتابی که در شئون اهل حق بنا داشتم بنگارم مشغول شوم... مدت کوتاهی این قصه به تأخیر افتاد به خاطر تبعید شدن به ترکیه و از آنجا به عراق و اکنون در نجف هستم و فرصتی است امیدوارم که موفق شوم و این موضوع را خاتمه دهم. ذیقعده‌الحرام سنه ۱۳۸۵ مطابق سال ۱۳۴۴ سید مصطفی خمینی.»
نویسنده در این یادداشت‌ها هر جا که مناسبت می‌دید در تبیین وقایع صدر اسلام، گریزی نیز به مسائل دوران معاصر به‌خصوص مسائل ایران می‌زد و از این فضا در نقد رژیم جبار پهلوی و قیام مردم ایران بالاخص قیام خونبار ۱۵ خرداد سال ۴۲ استفاده می‌کرد. یادداشت‌های مربوط به قیام خرداد در تبیین زندگی امام حسن مجتبی (ع) و علل تفاوت رفتار آن حضرت در برخورد با معاویه با رفتار پدر بزرگوارشان حضرت علی‌بن ابیطالب (ع) و تشریح تحرک و سکوت علما در بعضی از دوران‌ها در مقابل حکام جور و ظلم به تأسی و تمسک به صلح و جنگ امامین همامین (ع) بدون توجه به مقتضیات زمان نوشته شده است. این یادداشت‌ها از آن جهت اهمیت دارد که توسط شخصیتی که خودبخش جدایی‌ناپذیر و صادق‌ترین راوی این قیام است به نگارش درآمده است. دست‌نوشته‌های این متن به عنوان بخشی از اسناد نهضت امام خمینی، در مجموعه اسناد بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی قرار دارد و به دلایلی امکان انتشار آن تا به امروز فراهم نشد. در این یادداشت‌ها به دلیل شرایط خاص آن دوران، از بعضی از شخصیت‌های تاریخ معاصر به خاطر موضع‌گیری‌های متزلزلی که نسبت به قیام ۱۵ خرداد و مقابله با رژیم فاسد و سفاک پهلوی اتخاذ کرده‌اند و آن را تشبیه به صلح امام حسن (ع) نمودند، به نیکی یاد نشده است.
بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی با توجه به شرایط حساس فعلی و ضرورت حفظ وحدت امت اسلامی از ذکر نام این افراد خودداری کرده است و یقین دارد که این روش مرضی رضای خدا و روح پرفتوح خمینی کبیر و شهید مظلوم سید مصطفی خمینی است. امیدواریم این یادداشت‌ها گوشه‌ای هرچند اجمالی از فداکاری‌های ملت ایران، به‌خصوص زنان مؤمن و مسلمان این مرز و بوم را در دفاع از استقلال، آزادی و نهضت پرشکوه خمینی کبیر منعکس کند و به فهم عمیق و دقیق انقلاب اسلامی و شرایط سخت مبارزه در آن دوران و شناخت عمق سفاکی رژیم پهلوی یاری رساند.
دفع بعضی شبهات از تاریخ/حمله دربار و مبارزه روحانیت
... عجیب آنست که علما اعصار و امطار، کم و بیش که متحرک بودند یا سکوت می‌کردند غالباً تمسک می‌جویند به صلح و جهاد امامین همامین (ع) بدون آنکه زمان خودشان را در نظر بگیرند و از باب مثال باید به عرض خوانندگان محترم برسانم که در زمان ما بین دولت و سلطان ایران و روحانیت که در رأسشان پدر بزرگوار نگارنده بود اختلافاتی شدید اتفاق افتاد. ابتدا بر سر مسئله شرکت زنان در کار‌های مملکتی و دخالت آنان در مجلس شورا و سنا و الغاء قید اسلام از صفحه قانون عرفی ایران و همچنین الغاء قسم خوردن به کتاب مجید و تبدیل آن به کتاب آسمانی که مقصود اعم از کتب حقه و غیر حقه باشد و بعضی امور دیگر بود و این نزاع و اختلاف بالا گرفت ولی بحمدالله روحانیت غلبه کرد و در سال ۱۳۸۳ ق. خاتمه یافت. سپس مبارزه‌ای عمیق بین شاه مملکت و روحانیت بر سر قانون عرفی و ارتکاب منکرات قطعی پیش آمد و نظر به اینکه پدرم می‌دانست که در این قصه شاه دخالت دارد و باید قوا را محکم کرد و صفوف را فشرده‌تر نمود.
شاه مردی خبیث و لجوج و خودخواه بود و فکر نمی‌کرد که بعد از مرحوم بروجردی (قدس سره) دیگر در ایران مردی باشد که بتواند در مقابل خواسته او کلمه‌ای بگوید. بعد از آن که دید چنین نیست به فکر کوبیدن عملی قم افتاد و ابتدا حمله‌ای شدید به مدرسه فیضیه نمودند و تا آنجا که ممکن بود قشون چنگیزی دمار از روزگار چند صد نفر از شاگردان حضرت صادق (ع) در روز وفات آن حضرت کشیدند. گرفتند و زدند و بردند و سوزاندند و غارت نمودند و بیماران حادثه شوم ۲۵ شوال را که مطابق با دومین روز فروردین سال ۱۳۴۲ بود از بیمارستان بیرون کردند و آنچه که نباید دشمن با دشمن در سخت‌ترین جنگ‌های جهانی کند اینان با ملت خود و طبقه روحانیت کشور کردند.
پدرم و یارانش ایستادگی کردند
از این هنگام وظیفه روحانیت دو قسمت می‌شد: یک طایفه عقب‌نشینی کردند... و یک طایفه که در رأس آنان پدر من بود ایستادگی به خرج دادند و کار بالا گرفت و اعلامیه‌های ایشان شدید شد و در نتیجه مقاومت ملت ایران که از این خانواده (خانواده شاه) نهایت نفرت را داشته و دارند به ایشان گرویدند و از خارج و داخل او را تأیید کردند و در نتیجه شخصیت ایشان تا حدودی بارز گشت. او مردی بود جامع از جهت شجاعت و از حیث عقل و از جهت علم و عمل و گویا که ملت ایران که در سنوات اخیر سه نفر از بزرگان خود را از دست داده بودند که مجموع آنان دارای این اوصاف بودند یک مرتبه متوجه شدند که مردی به نام «خمینی» دارای این سه وصف است و آنچه که از دست رفته بود باز به جوی برگشت به نحو احسن و بهتر. از این روی تمام فداکاری خود را ممحض در آن کردند و در این هنگام نطق‌ها و خطابه‌های آتشی ایشان که صریحا علیه آن مرد [شاه]بود ابراز گشت و او خوب فهمید که بعد از خطابه مدرسه فیضیه که در روز عاشورای سال ۱۳۸۳ مطابق با ۱۵ خرداد ماه سال ۱۳۴۲ در مقابل ده‌ها هزار نفر جمعیت قم و مسافرین صورت گرفت دیگر نمی‌تواند زندگی کند و چاره‌ای جز قیام مسلحانه علیه ملت نیست و در نتیجه روز ۱۲ محرم همان سال [۱۳۴۲ ش]قبل از طلوع فجر به منزل شخص ایشان [امام خمینی]با قوای مسلح حمله کردند و حضرتش را به جانب تهران و زندان بردند و از اینکه موافقت کنند که نماز صبح [به جا آورد]خودداری کردند.
دنبال این قضیه که من خودم شاهد بودم و در مقابل من ایشان را با فولکسی به درب مریضخانه قم بردند و از آنجا با یک ماشین آخرین سیستم به تهران منتقل نمودند اهالی شهرستان قم که از خواب بیدار شدند قضیه را فهمیدند و از سوابق ایشان و کار‌های آن مرد به مقدار کافی مطلع بودند به منزل ایشان آمدند و من با جمعی از آنان به صحن قم رفتیم و جمعیت تدریجاً جمع شدند و اینجانب... به فراز منبر رفتم... و روزی عجیب بود، روزی بسیار شگفت‌انگیز بود، هر مردی انگار بهترین عزیز خود را از دست داده بود، هر زنی گویی بهترین جوان ناکام خودش را در شعله آتش می‌دید.
توصیفی از روز ۱۵ خرداد در قم
نمی‌توانم بگویم که چه روزی بود. تمام دکاکین بسته، مردم گرسنه هوای گرم تابستان، چنان جمعیت در هم فشرده شدند که من فکر کردم الان ممکن است چند صد نفر تلف شوند. از این رو جمعیت را به خارج صحن سوق دادم که از جهتی از خطر نجات پیدا کنند و از جهتی بر ابهت قضیه افزوده شود و بلکه دست ظالم کوتاه گردد. غافل از آنکه قوای مسلح عصبانیت را دارد و هر چیزی که از مظاهر دولت است او را از بین می‌بردند تا آنجا که به اتومبیل‌های حامل سرباز مسلح حمله بردند و آنان هم که در این موضع دستور داشتند شلیک کنند چنان کردند که شایسته نبود. صدای تیر از طرفی در هوای قم طنین‌انداز بود. جمعیت‌های مختلف از هر گوشه قم به طرف صحن آمده بودند و دسته‌ای هم از زنان محترم قمی که واقعاً... این نهضت را کمک نمودند و به آن آبرو دادند. در میان مردم شاهد شیربچه‌های کوچک شیرخوار [بودم که]روی دست به طرف آستانه قدس معصومی می‌روند. ساعت‌های متوالی روحانیون قم و مراجع تقلید در پایین منبر من بودند و صدای تیر از هر طرف به گوش می‌رسید.
در این اثنا بود که جنازه‌ای بر دوش مردم به نام سیدحسین روزنامه‌فروش وارد صحن شد و به پای منبر آوردند. اعلام قم نمی‌دانستند که چه باید بکنند، بگویند مردم متفرق شوند دیگر بعداً نمی‌توانند زندگی کنند از این رو من به خاطرم آمد که مردم را به خاطر جهاتی که در دستم بود متفرق کنم. دعوت عمومی به عمل آوردم از مردم که برای ساعت پنج بعداز ظهر مراجعت کنند به آستانه قدس معصومی و مراجع هم آنجا جمع می‌شوند تا تصمیم قطعی گرفته شود. این مطلب را نگارنده به مردم ابلاغ کردم و ضمن چند دقیقه صحبت اعلام داشتم که این موضوع یک مطلب همگانی است و نظر به اینکه محتاج به تأمل است باید ملت مراجعت کنند. این بود که بعد از مراجعت ملت [نظامیان] آستانه را محاصره کردند و تا ۱۰ روز قم به صورت یک شهر نیمه‌ورشکسته و از جنگ فارغ شده درآمده بود.
خدا می‌داند که در روز ششم یا هفتم بود که از کنار شهر قم عبور کردم چشمم افتاد به آن کامیون‌ها که مورد حمله ملت غیور شهر قم بود، گویی که این‌ها از جنگ با متفقین برگشته بودند. هم آغاز با این سر و صدا که در قم از اول آفتاب پیدا شد در تهران قریب دو یا سه ساعت بعد از آن بود که صدای چند صد برابر این صدا به گوش می‌رسید و همگی با یک جنبش همه‌جانبه می‌گفتند: یا مرگ یا خمینی؛ مسلسل‌های بیگانگان که از پول این ملت تهیه شده بود به روی این ملت بستند و گفته شد که قریب ۱۵ هزار نفر را در مدت بسیار کوتاهی از بین بردند و مطابق نقل صحیح در میدان سپه توپ می‌انداختند و خدای می‌داند که قوای دشمن ملت تا چه حد بی‌شرمی کرد.
ابتدا دستور شلیک نداشتند و بعد از آن که دیدند کار ملت بالا گرفته است و در نزدیکی بی‌سیم رسیدند دستور زدن به هدف توسط رئیس پلیس وقت به نام سرهنگ وثیق ابلاغ شد. ولی این دستور همراه با آن بود که به قسمت پایین تنه بزنند ولی باز خطر نزدیک‌تر شد از این جهت توسط بی‌سیم شخص شاه خائن (لعنه الله تعالی) به شماره ۲۵/۲۷ که رمز مخصوص آن وقت بود فرمان صادر کردند و مردم بی‌گناه شهر تهران را به آتش کشیدند. این خبر تا عصر روز پانزدهم خرداد یعنی دوازدهم محرم به گوش می‌رسید.
فردای آن روز هم صدایی از گوشه و کنار به پا خاست ولی دیری نپایید که باز درهم شکسته شد. تهران تحقیقاً تعطیل بود، اطراف تهران تعطیل بود، از ورامین جماعتی با اسلحه سرد حمله به تهران کردند. در اواسط راه مصادف شدند با قوای مسلح، همگی را کشتند و یکی از دوستان موثق به من که از مشهد در آن ساعت رسیده بودم می‌گفت: گویا تپه‌ای از کشته مردم ساخته‌اند و از کنار آن مسیر خون جاری به چشم می‌خورد.
همراه با این سر و صدا که در تهران و قم و ورامین بود در سایر شهرستان‌ها خصوصاً شیراز که آقای محلاتی را از آنجا روز شانزدهم گرفتند و در مشهد آقای قمی را بازداشت کرده بودند نقل شده ولی کشتاری در آنجا، به طور مسلم معلوم نگشت.
بازتاب واقعه نیمه خرداد و حصر و آزادی امام
رادیو‌های داخلی و خارجی قصه گرفتاری آقای خمینی را اعلام کردند در نتیجه مراکز شیعه‌نشین خصوصاً عراق و نجف و کربلا از این قضایا مطلع و جنب و جوشی راه افتاد و فعالیت‌هایی با دقت و عقل در کار بود که البته پرواضح است که در این مواقف اینگونه کوشش‌ها به جایی نمی‌رسد.
ایشان را ابتدا به دانشکده افسری و عصر آن روز به قصر و بعد از ۱۹ روز به عشرت‌آباد نقل دادند. مراجع قم به تهران آمدند و بعضی از آنان هم در قم بودند و همگی به فعالیت ادامه می‌دادند که باشد آقای خمینی مراجعت کنند... آقای خمینی را در حبس و بعد از حبس در محاصره تا ۱۰ ماه نگه داشتند و بعد از گذشتن دولت علم و آمدن دولت منصور ایشان را به خاطر اینکه ملت آسوده نبود و کاری در این فرض نمی‌توانستند بکنند و فشار جوانان آزادمنش خارج و مسلمانانی که در کشور‌های دور و نزدیک زندگی می‌کردند موجب شد که دوباره ایشان را به قم در تاریکی شب برگردانند.
