عمر خيام را گرچه در روزگار حاضر به عنوان يک شاعر پرآوازه به سبب رباعياتش ميشناسند، اما کمتر کسي به بعد شخصيتي ديگر وي به عنوان يک فيلسوف و متفکر اشاره ميكند. شايد يک جنبه اين مسئله به دليل اهميت و شهرت اشعار وي باشد که ترجمه آن در زبان ملل اروپايي نيز بازتاب زيادي داشته است اما شايد جنبه ديگر مربوط به تلاشهاي تعمدي براي کمرنگ كردن شخصيت علمي، فلسفي و ديني وي باشد. توجه به برخي اسناد و تذکرهها نشان ميدهد شخصيت ديني و فلسفي وي تا حدي پررنگ بوده که اساساً جنبه شاعري وي تحتالشعاع بوده است.
ابوالحسن بيهقي گستردهترين نظرات را پيرامون شخصيت خيام ارائه کرده است. وي در گزارش خود خيام را با عناويني چون «حجتالحق» و فيلسوف ياد ميکند. وي را شاگرد مکتب فلسفي ابنسينا برميشمرد و حتي پايان عمرش را با چنين حکايتي توصيف ميكند: «او سرگرم مطالعه کتاب شفا بود تا اينکه به فصل «واحد و کثير» رسيد. کتاب را بست و از يارانش خواست جمع شوند تا وصيت کند. سپس از خوردن و نوشيدن اعراض كرد. سپس نماز خفتن (عشا) را بجا آورد و فرمود: خداوندا من آنگونه که در توانم بود تو را شناختم. پس مرا بيامرز چراکه براي من شناخت تو به منزله راهي است به سوي تو. اين را بگفت و جان داد.» بيهقي همچنان در جاي ديگري به تبحر خيام نسبت به علوم قرآني اشاره ميکند.
بيان اين عبارات نشان ميدهد خیام پيش از آنکه در زمان خود با صفت شاعري شناخته شده باشد به عنوان يک فيلسوف و مرجعي ديني شناخته شده بود.
برخي ديگر از تذکرهنويسان نيز اشاره کردهاند خيام در زمان خود وجاهتي در خطه خراسان داشته است و گاه او را «دستور» به معني وزير و صاحبمنصب ناميدهاند.
شايد قديميترين منبعي که درباره خيام نوشته شده است مربوط به نامهاي از سنايي غزنوي باشد که از هرات براي خيام نگاشته است. وي در اين نامه خيام را مکرراً مورد مدح قرار داده و جنبه علمي شخصيت او را ستوده است؛ در حالي که جالب آنجاست به تنها وجهي از خيام که در نامه مذکور اشاره نشده است، شاعري اوست. عبارت ويژهاي در خصوص خيام توسط سنايي در آن نامه به کار رفته و وي را «نگهبان جوهر نبوت» و «پيشواي حکيمان» معرفي کرده است.
در سدههاي مياني اسلام، خصوصاً قرن پنجم و ششم برخي فقيهان به تعارض با فلسفه و عرفان روي آوردند و پيرو اين طرز تفکر کوششهايي صورت گرفت تا حکيمان و فلاسفه و عرفا به عنوان دهري و کافر معرفي شوند. اين مسئله دامن بسياري از فلاسفه و عرفا را دربرگرفت و به مجرد وجود قرينههاي تفسيرپذير در اقول يا کتب يا اشعار اين افراد متهم به زنديق بودن شدند. نه فقط خيام بلکه فارابي، زکرياي رازي، ابوريحان بيروني و بسياري ديگر از انديشمندان قرون نخستين اسلامي از چنين تهمتهايي مصون نماندند.
به نظر ميرسد خيام نيز در چنين شرايطي به عنوان دهري معرفي شد. چه آنکه گوياترين دليل بر اين مسئله نقل قول خود حکيم عمرخيام و توصيف وي از شرايط زمانه است: ما گرفتار روزگاري هستيم که از اهل علم فقط عده کمي مبتلا به هزاران محنت و رنج باقي مانده که پيوسته در انديشه آنند که غفلتهاي زمان را فرصت جسته به تحقيق در علم و استوار کردن آن بپردازند و بيشتر عالم نمايان زمان حق را جامعه باطل ميپوشند و گامي از حد خودنمايي و تظاهر به دانايي فراتر نميروند و اگر ببينند کسي جستن حقيقت را وجهه همت خود ساخته او را خوار شمرند. در هر حال خدا ياريدهنده و پناهدهنده همه است.