مطابق عرف بانكداري، بانك‌ها واسطه وجوه هستند؛ به طوري كه سپرده‌هاي مردم را به عنوان منابع بانكي تجهيز كرده و در اختيار متقاضيان منابع مالي قرار مي‌دهند و بدين‌صورت به تخصيص منابع مالي مي‌پردازند. در بانكداري بدون ربا و در قالب عقود مشاركتي، بانك‌ها با افراد و مجموعه‌اي كه سرمايه‌گذاري مي‌كنند شريك مي‌شوند و در پايان اجراي پروژه سرمايه‌گذاري، سهام خود را واگذار كرده و عوايد حاصل از اين سرمايه‌گذاري را به صورت سود قطعي بين سپرده‌گذاران تقسيم مي‌كنند. چنانچه بانك‌ها سهام خود را واگذار نكنند، از وظيفه اصلي خود كه بانكداري است دور شده و به بنگاهداري پرداخته‌اند.
اين امر از دو جنبه حائز اهميت بوده و مشكل‌آفرين است. اولاً موجب كاهش منابع بانكي در بلندمدت شده و اعطاي تسهيلات بانكي به ساير بخش‌ها و پروژه‌ها را با محدوديت مواجه مي‌كند. دوماً باعث ايجاد رانت و قدرت انحصاري دستيابي به منابع مالي براي پروژه‌ها و نهادهاي وابسته به بانك‌ها مي‌شود كه خود از كارآمدي بانك‌ها در نظام مالي مي‌كاهد. يكي از اشكالات نظام بانكداري كشور در بيش از دو دهه گذشته مبتلا شدن بانك‌هاي تجاري به تمام وظايف مربوط به فعاليت‌هاي بانكداري در حوزههاي بانكداري توسعه‌اي، تخصصي، تجاري، تأمين سرمايه و... است. بانك‌هاي ايران با عنوان بانك‌هاي تجاري فعاليت مي‌كنند و در عرف جهاني بايد تسهيلات كوتاه‌مدت ارائه كنند، اما به ارائه تسهيلات بلندمدت نيز مي‌پردازند. در برنامه‌هاي توسعه‌اي دولت و ارائه تسهيلات تكليفي شركت مي‌كنند و نقش تأمين سرمايه را نيز بر عهده مي‌گيرند. نظام بانكي كشور بايد به طور اساسي و زيربنايي به سمت اصلاح ساختار پيش رود. يعني حوزههاي مشاركت، سپرده‌گذاري، قرض‌دهي و... كاملاً تفكيك شود و به عبارت ديگر شرح وظايف جديدي براي بانك‌ها نوشته شود.
مقايسه دو معيار دارايي و بازدهي دارايي نشان مي‌دهد كه دارايي زياد لزوماً به منزله بازدهي بالاي دارايي نيست. بانك ملي از نظر ميزان دارايي رتبه اول را بين بانك‌هاي دولتي كسب كرده و از منظر بازدهي دارايي رتبه هفتم را دارد. در حالي كه بانك توسعه صادرات با كمترين ميزان دارايي در بين بانك‌ها، بيشترين بازدهي دارايي را داشته است.
مشكل وجود مطالبات معوق بانك‌ها
اين مشكل كه به دلايل مختلف از جمله تسهيلات تكليفي، تعيين اداري نرخ سود بانكي، اختلاف در نرخ سود عقود مبادله‌اي و مشاركتي، عدم بهره‌گيري بانك‌ها از نظام اعتبارسنجي مشتريان و عوامل غيربانكي نظير ركود در برخي بخش‌ها (مثل بخش كشاورزي در زمان خشكسالي) و ركود جهاني به وجود مي‌آيد. اين معضل بانك‌ها را با كمبود منابع بانكي روبه‌رو مي‌كند و در نتيجه ميزان اعطاي تسهيلات آنها را كاهش مي‌دهد. بنابراين مطالبات سررسيد گذشته و معوق طي چند سال اخير روندي فزاينده داشته كه بايد به دنبال راهكاري براي كاهش آن بود.
شفاف نبودن صورت‌هاي مالي بانك‌ها هم مي‌تواند ناشي از عدم تعيين چارچوب يكسان براي صورت‌هاي مالي در تمامي بانك‌ها باشد يا بانك‌ها به دليل عملكرد خود تمايلي به شفاف‌سازي صورت‌هاي مالي نداشته باشند. در هر صورت عدم شفافيت كامل صورت‌هاي مالي بانك‌ها موجب مي‌شود نظارت بر عملكرد بانك‌ها و اجراي مقررات توسط آنها با مشكل مواجه شود. به نظر مي‌رسد نبود يك سيستم جامع نرم‌افزاري براي ثبت اطلاعات مالي بانك‌ها كه از آن طريق بانك مركزي بتواند نظارت همه‌جانبه و مشابهي بر تمامي بانك‌ها داشته باشد از مهم‌ترين معضلات بخش نظارت بر بانك‌هاست.
