از سوي ديگر اسلامي شدن و اسلامي كردن در معنا ممكن است محل مناقشه باشد. به عبارتي اسلامي كردن به معناي تحميل رأي و سليقه به يك گروه خاص است. خود اين مسئله بازخوردهاي متفاوت و گاه غير قابل پيشبيني داشت. افراد زيادي كه اتفاقاً از چهرههاي شناختهشده دانشگاهي نيز هستند اسلامي كردن دانشگاهها را مساوي با سلب استقلال و اختيار دانشگاه دانستند و در برابر آن موضع گرفتند.
سند دانشگاه اسلامي مولود انقلاب فرهنگي است كه اجراي آن در طول 16 سال گذشته كه از تشكيل شوراي اسلامي شدن دانشگاهها و مراكز آموزشي و به تبع آن تصويب نسخه اوليه سند دانشگاه اسلامي ميگذرد، متوقف بوده است به طوري كه محمدمهدي زاهدي رئيس كميسيون آموزش مجلس كه در دولت نهم نيز وزير علوم بود به «جوان» ميگويد: ما با اين ديد انقلاب كردهايم تا مباني اسلام در كشور اجرا شود ولي امروز اگر كسي وارد دانشگاههاي ما شود باور نميكند كه وارد يك كشور اسلامي شده است. با وجود وضعيت استادان، دانشجويان و چهرهها و پوشش آنها نميتوان گفت اين دانشگاه اسلامي است. گرچه نميخواهم خدمات انجام شده را نيز ناديده بگيرم اما فاصله زيادي تا اسلامي شدن داريم. اكثريت مردم كشور ما مسلمان هستند. بارها شاهد اعتراضات مردم از مختلط بودن برخي كلاسهاي دوران ابتدايي بودهام زيرا در برخي مدارس بهدليل كمبود امكانات مدارس دخترانه و پسرانه مختلط است. مردم ما روي اين موضوع حساس هستند. وي ميپذيرد كه در دورهاي به دليل محدوديت در تعداد و تخصص اساتيد و دانشگاهها، چارهاي جز اين موضوع نبوده است، اما در عين حال ميافزايد: امروز وضعيت ما با اوايل انقلاب فرق كرده و امكانات ما نيز در دانشگاهها بالا رفته است.
در اين سالها دانشگاه آزاد و پيام نور و چند دانشگاه دولتي ديگر نيز به جمع دانشگاههاي ما اضافه شده است. پس اگر قرار باشد همچنان با نگاه 10 سال پيش عمل كنيم، با مباني اسلامي سازگار نيست. بسياري از والدين وقتي شنيدند كه در مورد تفكيك جنسيتي كارهايي در حال انجام است، از ما تشكر كردند. تفكيك جنسيتي دانشگاهها با تفكر و ايدههاي ما، شهدا و انقلاب هم سازگاري دارد. ما فرزندانمان را به دانشگاه ميفرستيم تا درس بخوانند، نه اينكه رابطه ميان دختر و پسري برقرار كنند. چند دانشگاه به صورت آزمايشي تفكيك جنسيتي شدهاند كه نتيجه خوبي داشته و سطح سواد دانشجويان نيز بالا رفته است. دخترها بايد در دانشگاه آزاد باشند. اگر دانشجويان دانشگاهي همگي دختر باشند قادرند راحتتر و آزادتر درس بخوانند. در دانشگاه ديگر هم بايد يك قسمت را به آقايان و قسمتي را به خانمها اختصاص داد. اگر باز هم امكاناتش نيست بايد بخشي از كلاس را به آقايان و بخش ديگر را به خانمها اختصاص داد. اين جريان بايد انجام شود و مرحله به مرحله پيش برود. اگر تعداد خانمها و آقايان به حد نصاب ميرسد بايد كلاسها يا دانشگاه را جدا كنيم.