يكي از مشكلاتي كه در چهار سال گذشته دانشگاه آزاد اسلامي را دچار چالشهاي مديريتي، آموزشي، مالي و سياسي كرد، كاهش مقبوليت اجتماعي بود، در حالي كه دانشگاه آزاد اسلامي بين اقشار مختلف جايگاه اجتماعي نسبتاً مناسبي داشت، اين مقبوليت و اعتبار طي چهار سال گذشته در انظار عمومي كاهش پيدا كرد. يكي از عوامل مهم آن بهكارگيري مديران غيرآموزشي در سطح مياني و عالي سازمان مركزي دانشگاه بود. طي اين مدت افرادي كه ناآشنا به امور آموزش عالي بودند يا اينكه در آموزش عالي خودگردان، شبيه دانشگاه آزاد اسلامي تجربهاي نداشتند، مديريت دانشگاه آزاد را بهمدت چند سال در اختيار گرفتند و صدمات جبرانناپذيري به دانشگاه وارد كردند.
دومين مسئله عدم تعامل مناسب بين دانشگاه آزاد، وزارت علوم، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي و مجلس شوراي اسلامي بود. دانشگاه آزاد به هر حال بايد با اين دو دستگاه كاملاً هماهنگ باشد، بهخصوص با وزارت علوم، چون اكثر رشتههاي ما رشتههاي غيرپزشكي است و از نظر تنوع و تكثر، گرايشها و مقاطع رشتههاي پزشكي ميزان و سهم كمي از رشتههاي دانشگاه آزاد را به خود اختصاص دادند.
در اين دوره يك آسيب مهم ديگري نيز به دانشگاه آزاد اسلامي وارد شد و آن اين بود كه در طول 30 سال گذشته ريلگذاري، هدفگذاري و سياست پذيرش دانشجو در دانشگاه آزاد براساس پذيرش مقاطع كارداني و كارشناسي بود، در حالي كه بهسرعت و در مدت كوتاهي در مديريت جديد استراتژي پذيرش بهسمت تحصيلات تكميلي و بهخصوص دكتري رفت.
اين امر باعث شد دانشگاه آزاد چند آسيب جدي ببيند؛ با توجه به اينكه بسياري از واحدهاي دانشگاهي در سطح كشور شرايط و امكانات لازم را براي برگزاري دورههاي دكتري نداشتند و حتي برخي از آنان مجري دورههاي كارشناسي و كارشناسيارشد همان رشته نيز نبودند، با اين حال مشمول دوره دكتري شدند، با پذيرش دانشجويان دكتري در اينگونه واحدها اعتبار اجتماعي و علمي دانشگاه در سطح كشور زير سؤال رفت. مجلس و وزارت علوم موضع گرفتند و اين تغيير مسير به دانشگاه بسيار صدمه زد. اين اتفاق با تحليلهاي نادرست از سوي افراد ناآشنا با سيستم رخ داد.