حضرت آيت‌الله نوري همداني در پيامي درگذشت آيت‌الله هاشمي‌رفسنجاني را تسليت گفت. در بخشي از اين پيام آمده است: اينجانب شخصاً در حوزه علميه قم سابقه ممتدي با ايشان داشتم و از نزديك شاهد مبارزات ايشان عليه رژيم ستمشاهي بوده‌ام. امروز كه با مشيت الهي آن برادر عزيز به لقاء‌الله پيوسته، ملت وفادار به امام و مقام معظم رهبري در تجليل از مقام ايشان در تشييع جنازه و مجالسي كه تشكيل خواهد شد شركت خواهند كرد و يك‌بار ديگر وحدت و اتحاد خود و پشتيباني از نظامي را كه با زحمات ملت شريف و امثال ايشان به‌وجود آمده است، در برابر چشم بدخواهان و تفرقه‌طلبان به نمايش خواهند گذاشت و بار ديگر دشمنان را نا‌اميد خواهند ساخت.
آيت‌الله جوادي آملي نيز در بخشي از پيام تسليت خود مي‌نويسد: بهترين ابراز همدردي در اين سانحه سنگين ملي و رخداد توانفرسا حفظ نظام اسلامي، تقويت اركان و حركت در مدار پيام رهبري است، اميد اينكه رنج مدبرانه وكوشش خالصانه بيش از نيم قرن آن عزيز جهت احياي مآثر قرآن كريم و آثار دو دهه طه و ياسين ره توشه خوبي براي لقاي خداوند سبحان باشد.
در پيام تسليت آيت‌الله مكارم شيرازي آمده است: با نهايت تأسف خبر فقدان ناگهانى مجاهد نستوه مرحوم حجت‌الاسلام و المسلمين آقاى هاشمى رفسنجانى را دريافت داشتم. اينجانب ايشان را از آن زمان كه در حوزه درسى ما شركت داشت به خوبى مى‌شناختم. مردى بسيار جدى، باهوش، شجاع و صاحب اراده بود. سال‌ها در خدمت امام راحل(ره) فداكارى كرد و بعد از ايشان نيز دائماً در صحنه انقلاب بود. مشكلات مختلفى را پشت سر گذاشت ولى اين مشكلات هرگز سبب نشد كه صحنه را ترك كند.
آيت‌الله صافي‌گلپايگاني در پيام تسليت خود آورده است: آن فقيد سعيد، ساليان سال در سنگرهاي مختلف انقلاب اسلامي، در حد توان انجام وظيفه نمود، و در حفظ اعتدال و آرامش جامعه و رفاه مردم، به توفيقاتي نائل گرديد. حضور ولايي آن مرحوم در حرمين شريفين، و اعلام مواضع محكم مذهبي و ديني در آن مكان مقدس در خاطره‌ها هميشه باقي خواهد ماند.
در پيام تسليت آيت‌الله علوي گرگاني نيز آمده است: اين عالِم مجاهد و زحمتكش كه در دوران قبل از انقلاب در مبارزات عليه دستگاه سلطنتي شاهنشاهي در كنار مرحوم آيت‌الله طالقاني و شهيدان بهشتي و مطهري و مفتح(ره) و برخي ديگر از انقلابيون وفادار به امام خميني(ره) سال‌ها رنج زندان را كشيدند، بعد از انقلاب نيز امام خميني(ره) را تنها نگذاشته و در صحنه‌هاي مختلف و در رده‌هاي بالاي انقلاب همچون رياست مجلس شوراي اسلامي و جانشين فرمانده كل قوا در زمان جنگ نقش آفرين و مؤثر بودند. ايشان با هوشياري و زحمات فراوان بعد از رحلت امام خميني نيز در سازندگي و آبادي مملكت ايران نقش ماندگار ايفا كردند.
آيت‌الله محمدتقي مصباح‌يزدي در ابتداي همايش «بررسي اخلاقي آثار غفلت در پيدايش فتنه» در مشهد با اشاره به درگذشت آيت‌الله هاشمي‌رفسنجاني، ضمن تسليت به مقام معظم رهبري، ملت ايران و خانواده آن مرحوم، تصريح كرد: در ابتدا بايد درگذشت رئيس مجمع تشخيص مصلحت نظام را كه يار حضرت امام و همراه مقام معظم رهبري بودند تسليت عرض كنم. ايشان قبل و بعد از انقلاب اسلامي در خدمت نظام اسلامي بوده و خدمات فراواني نسبت به نظام اسلامي داشتند كه دعا مي‌كنيم خداوند ايشان را با اولياي خود، امام راحل و شهداي گرانقدر انقلاب اسلامي محشور بفرمايند.
